T-cellezonen (periarteriolær kappe) og B-cellefollikler indeholder diskrete makrofagpopulationer; der er dog ikke meget viden om disse makrofagpopulationer med hensyn til deres oprindelse og levetid. Disse makrofager er ikke unikke for milten, men udgør i stedet en integreret del af de lymfoide dele af alle sekundære lymfoide organer.
I B-cellefollikkerne er makrofagerne vigtige for udrensningen af de apoptotiske B-celler, der opstår under germinalcenterreaktionen i processen med somatisk hypermutation og isotype-switching. B-celler, der ikke kan danne deres passende receptorer, dør af apoptose og bliver efterfølgende renset af makrofagerne i det germinale center. Under intensive germinalcenterreaktioner er denne proces tydelig på grund af tilstedeværelsen af de store makrofager i germinalcentret, de såkaldte “tingible body macrophages”. (De har fået dette navn, fordi deres “tingible bodies” repræsenterer kondenserede apoptotiske kerner). For at de apoptotiske celler kan blive optaget af makrofager, er det vigtigt, at fosfatidylserin udtrykkes på de apoptotiske cellers ydre overflade, som genkendes af flere receptorer. De håndgribelige kropsmakrofager udtrykker: tyrosinkinase Mer, mælkefedtkuglen epidermal vækstfaktor 8 og Tim-4, som alle understøtter optagelsen af de apoptotiske celler i makrofagerne.
Makrofager er også til stede i T-celleområdet i den hvide pulpa, men deres rolle er mindre velforstået. Denne population af makrofager findes i alle de andre T-cellezoner i de sekundære lymfoide organer. Det er muligt, at disse makrofager er efterkommere af patruljerende monocytter, der er kommet ind i den hvide pulpa fra blodet. På grund af at de er placeret ved siden af T-cellerne, foreslås det, at disse makrofager har en rolle i antigenpræsentation eller fjernelse af døende lymfocytter.