Første år
Pederson blev født i Bellingham, Washington, i 1968. Han gik på Ferndale High School i det nærliggende Ferndale, Washington, og var All-State-elev i fodbold, basketball og baseball. Efter high school blev han uddannet fra Northeast Louisiana University, hvor han var quarterback fra 1987 til 1990. Han har stadig flere afleveringsrekorder på skolen.
Professionel
Miami Dolphins
Pederson blev oprindeligt underskrevet som rookie free agent af Miami Dolphins den 1. maj 1991, fra Northeast Louisiana University (nu University of Louisiana at Monroe) i Monroe, Louisiana. Han blev waived den 17. august 1991, før starten af den regulære sæson. Efter at have tilbragt sæsonen 1991 som free agent, blev han den 4. februar 1992 draftet af New York/New Jersey Knights fra World League of American Football (WLAF) i femte runde i den første pulje af spillere, der var berettiget til at blive draftet. Den anden pulje, som der blev draftet fra den 20. februar, bestod af spillere, som NFL-holdene havde tildelt ligaen. Han var reservequarterback for Reggie Slack hos Knights fra marts til maj 1992.
Efter WLAF-sæsonens afslutning blev han genforhandlet af Dolphins den 2. juni 1992. Pederson tilbragte 1992 træningslejr med Dolphins, inden han blev frigivet under de endelige roster cuts igen. Han blev efterfølgende re-signed til holdets practice squad, hvor han trænede på scout-holdet, indtil han blev waived den 8. oktober 1992. Han blev genindkøbt af Dolphins efter sæsonen den 3. marts 1993. Efter sin tredje træningslejr med Dolphins, blev han igen waived den 31. august 1993. For anden sæson i træk blev Pederson genansat på holdets practice squad, den 1. september 1993. Dan Marino, Dolphins’ startende quarterback siden 1983, sprængte sin akillessene i en kamp i uge 6 mod Cleveland Browns den 10. oktober 1993, hvilket tvang backup Scott Mitchell til at erstatte ham. Pederson erstattede Marino på den aktive liste og fungerede som Mitchells backup i de næste fire kampe. Pederson fik sin NFL-debut den 24. oktober 1993 i en kamp i uge 8 mod Indianapolis Colts. Han hjalp cheftræner Don Shula med at vinde sin 325. NFL-rekordsejr som træner, da Mitchell pådrog sig en separeret skulder i en kamp i uge 11 mod Philadelphia Eagles den 14. november 1993. I denne rekordkamp for træner Shula kom Pederson ind i 3. quarter i kampen og gik 3 ud af 6 for 34 yards og afsluttede flere afgørende 3. downs. Pederson var i stand til at styre Dolphins til sejren. Pederson fungerede også som backup for den nyligt erhvervede Steve DeBerg i de tre kampe, som Mitchell gik glip af på grund af en skade. Han kom kortvarigt ind i en kamp i uge 14 mod New York Giants, mens DeBerg fik syet sit ansigt. Mitchell vendte tilbage som Dolphins’ starter efter uge 15, og Pederson blev fyret til fordel for backup DeBerg og tredje quarterback Hugh Millen den 16. december 1993. 16. april 1994, efter sæsonen var slut, skrev Pederson igen kontrakt med Dolphins. Han tilbragte hele 1994-sæsonen på Dolphins’ aktive roster som tredje quarterback bag Marino og Bernie Kosar. Den 15. februar 1995 blev Pederson valgt af Carolina Panthers i den anden og tyvende runde af NFL Expansion Draft, efter at han var blevet sat på Dolphins’ liste over tilgængelige spillere den 19. januar, men blev frigivet den 24. maj 1995. Han vendte tilbage til World League efter sin frigivelse og spillede med Rhein Fire. Pederson skrev igen kontrakt med Dolphins i juni 1995. Efter at have konkurreret med Dan McGwire i hele træningslejren, blev Pederson waived den 22. august 1995. Marino pådrog sig en knæskade i løbet af en kamp i uge 6, så Pederson blev genansat den 10. oktober for at fungere som tredje quarterback bag Kosar og McGwire i de næste to kampe. Han blev frigivet igen, efter at Marino vendte tilbage til uge 9 den 24. oktober.
Første ophold hos Packers
Pederson trænede for Green Bay Packers efter uge 10 i 1995 på grund af en sæsonafsluttende skade, som backup Ty Detmer pådrog sig, og en mindre skade, som startspilleren Brett Favre pådrog sig. Tredje quarterback T. J. Rubley blev tvunget til at spille i uge 10 og kastede en interception, der var afgørende for kampen, efter at have kaldt en audible, hvilket gik imod cheftræner Mike Holmgrens playcall. Packers har hyret Bob Gagliano til at fungere som tredje quarterback i uge 11 og 12. Pederson erstattede Gagliano som tredje quarterback, da han skrev kontrakt med Packers den 22. november 1995. Packers hentede Jim McMahon fra Browns for at fungere som Favres backup foran Pederson og Rubley den 29. november 1995. Rubley blev waived den 13. december, hvilket efterlod McMahon og Pederson som Favres backups. Favre gik ikke glip af nogen kampe, så Pederson kom ikke i kamp for Packers i 1995. Pederson fungerede som tredje quarterback bag Favre og McMahon i 1996 og spillede én kamp, men optog ingen statistik. Han modtog en Super Bowl-ring efter Packers’ sejr over Patriots i Super Bowl XXXI. Han underskrev igen med Packers med en toårig kontrakt den 20. februar 1997. Pederson var igen den tredje quarterback i hele 1997, som backing up for Favre og Steve Bono. Pederson vandt over Rick Mirer til backup-jobbet for Favre samt det primære job som placekick-holder i 1998. I et nederlag i uge 5 mod Minnesota Vikings erstattede Pederson Favre i de sidste fem minutter af en kamp, hvor han kastede to touchdowns i stedet for ham. Pederson pådrog sig dog en brækket kæbe, der slog ham ud i holdets næste fire kampe.
Philadelphia Eagles
Pederson underskrev en treårig kontrakt på 4,5 millioner dollars med Philadelphia Eagles den 18. februar 1999 for at blive holdets startende quarterback under den nye cheftræner Andy Reid, der var Pedersons quarterbacks coach i Green Bay fra 1997 til 1998. Eagles draften Donovan McNabb med det andet samlede valg i NFL Draft 1999 i april 1999, og Reid sagde, at Pederson ville forblive starter, indtil McNabb var klar til at spille. I sine ni starter for Eagles havde Pederson et resultat på 2-7, en afslutningsrate på 51,6 %, 1.168 passing yards, seks touchdowns og ni interceptions. I sin første start i karrieren, en kamp i uge 1 mod Arizona Cardinals, kastede Pederson to touchdowns i første quarter, hvilket var med til at give Eagles en 21-0 føring. Cardinals kom dog tilbage og vandt kampen på et field goal, da tiden udløb, 25-24. Pederson gik 12-for-25 for 91 yards og to touchdowns i kampen. McNabb erstattede Pederson, der havde pådraget sig en kvæstet kasteskulder, efter en halvleg i et nederlag i uge 2 til Tampa Bay Buccaneers, hvor Pederson gik 12 ud af 19 for 100 yards og en interception. Pederson startede i uge 3 i et nederlag på 26-0 mod Buffalo Bills, hvor han gik 14 ud af 26 for 137 yards og to tabte fumbles, inden han igen blev erstattet af McNabb i fjerde quarter. I et nederlag i uge 4 til New York Giants gik Pederson 6 ud af 15 for 75 yards og to interceptions, inden han blev erstattet af McNabb efter pausen. Pedersons første NFL-sejr kom i uge 5 i en kamp mod Dallas Cowboys. Han spillede hele kampen og gik 11 ud af 29 for 145 yards, et touchdown og en interception. Pederson spillede hele de næste tre kampe og fik en 1-2-rekord, mens han kastede tre touchdowns og tre interceptions. I sin sidste start som Eagle blev Pederson sat på bænken i halvlegen i en kamp i uge 9 mod Carolina Panthers efter at have kastet 3 ud af 9 for 28 yards og været bagud 23-0. Han kom ikke i aktion som quarterback igen før en kamp i uge 14 mod Cowboys, hvor McNabb pådrog sig en skade i fjerde quarter. Pederson gik 8 ud af 12 for 108 yards og et touchdown i nederlaget, og Koy Detmer fik startopstillingen foran ham i uge 15, da McNabb stadig var skadet. Efter at have tilbragt den næste sæsons træningslejr med holdet, fyrede Eagles Pederson den 28. august 2000.
Cleveland Browns
Pederson overvejede at gå på pension efter at være blevet fyret af Eagles, men underskrev i stedet en toårig kontrakt med Cleveland Browns den 2. september 2000. Browns’ backup, Ty Detmer, var blevet skadet i slutningen af sæsonen, og Browns havde brug for en backup quarterback til starter Tim Couch. Det var anden gang i Pedersons karriere, at han blev hyret til at erstatte en skadet Ty Detmer. Pederson startede som tredje quarterback bag Couch og Spergon Wynn, indtil Couch pådrog sig en sæsonafsluttende skade i uge 7. Pederson startede de næste seks kampe og fik et resultat på 1-5. I en kamp i uge 13 mod Baltimore Ravens blev han slået ud af kampen med brækkede ribben og blev erstattet af Wynn. Wynn startede den næste uge mod Jacksonville Jaguars, men han fik en sæsonafsluttende skade, og Pederson erstattede ham. Pederson vendte tilbage til sæsonens to sidste kampe, som han tabte begge, herunder et 35-24-nederlag til sit tidligere hold, Eagles, og et 24-0-nederlag med shutout mod Tennessee Titans. Pederson blev fyret efter sæsonen den 22. februar 2001.
Green Bay Packers (anden periode)
Packers genforhandlede Pederson på en etårig kontrakt den 13. marts 2001 som erstatning for backup Matt Hasselbeck, der blev handlet til Seattle Seahawks. Pederson var den primære backup for Favre i hele 2001-sæsonen og var den primære placekick-holder i alle kampe. Han blev genforenet med Packers på en etårig kontrakt på 650.000 dollars den 2. april 2002. Pederson var igen backup-quarterback og primær holder i alle 16 kampe i 2002. I en kamp i uge 7 mod Washington Redskins fik Favre en forstuvning af knæet, og Pederson tog de fleste af snapsene i anden halvleg og gik 9 ud af 15 for 78 yards for at være med til at vinde kampen 30-9. Pederson spillede også i kampe mod Miami Dolphins, Detroit Lions og New York Jets. Han skrev igen under med Packers på en etårig kontrakt på 750.000 dollars den 29. april 2003. For tredje sæson i træk var Pederson back up for Favre i alle 16 kampe og holdt placekicks. Han afsluttede begge sine afleveringer i løbet af den regulære sæson for i alt 16 yards. Packers genforhandlede Pederson med en etårig kontrakt den 28. april 2004. Tim Couch blev ansat til at konkurrere om backup-quarterback-jobbet, men tabte til Pederson og blev fyret den 5. september 2004. I en kamp i uge 3 mod Indianapolis Colts erstattede Pederson Favre i et stort nederlag og gik 4 ud af 6 for 34 yards og en interception. Den næste uge, en kamp i uge 4 mod New York Giants, pådrog Favre sig en hjernerystelse i tredje quarter, og Pederson erstattede ham som quarterback. Pederson gik 7 ud af 17 for 86 yards og en interception i nederlaget, inden han fik et slag i siden i tredje quarter, der resulterede i en knogle i ryggen, en revet muskel i siden og et brækket ribben. Han blev i kampen indtil den sidste snap, hvor han blev erstattet af tredje quarterback Craig Nall. Pederson blev sat på skadestuen den 7. oktober, hvilket satte en stopper for hans sæson. Han trak sig tilbage i marts 2005 for at blive cheftræner på Calvary Baptist Academy.