Pakistan opnåede ligesom Indien uafhængighed som et dominion inden for Commonwealth i august 1947. Lederne af den muslimske liga afviste dog, at Lord Mountbatten, den sidste britiske vicekonge af Indien, skulle være Pakistans første generalguvernør eller statsoverhoved – i modsætning til Kongressen, som gjorde ham til Indiens øverste chef. Pakistanerne var på vagt over for Storbritanniens intriger og ønskede at belønne Jinnah – deres “store leder” (Quaid-e Azam), en titel han fik før uafhængigheden – og gjorde ham til deres generalguvernør; hans løjtnant i partiet, Liaquat Ali Khan, blev udnævnt til premierminister. Pakistans første regering havde imidlertid en vanskelig opgave foran sig. I modsætning til Muhammad Iqbals tidligere vision for Pakistan var landet blevet dannet af de to regioner, hvor muslimerne var i flertal – den nordvestlige del, som han havde tiltrådt, og områderne og den østlige del af provinsen Bengalen (som selv også var blevet delt mellem Indien og Pakistan). Pakistans to fløje var derfor adskilt af ca. 1.600 km suverænt indisk territorium uden enkle kommunikationsveje mellem dem. Den nye pakistanske regerings arbejde blev yderligere kompliceret af erkendelsen af, at rigdommen og ressourcerne i Britisk Indien var blevet tildelt Indien. Pakistan havde ikke meget andet end rå entusiasme til at opretholde det, især i de måneder, der fulgte umiddelbart efter delingen. Faktisk syntes Pakistans overlevelse at hænge på en tynd tråd. Af alle de velorganiserede provinser i Britisk Indien var det kun de forholdsvis tilbagestående områder Sind, Balochistan og den nordvestlige grænseprovins, der kom ubeskadiget til Pakistan. De ellers mere udviklede provinser Punjab og Bengalen blev delt, og i tilfældet med Bengalen fik Pakistan ikke meget mere end det tætbefolkede landlige bagland.
Til det dilemma, som den nye og uprøvede pakistanske regering stod i, kom krisen i Kashmir, som fremprovokerede en krig mellem de to nabostater i perioden umiddelbart efter deres uafhængighed. Både Pakistan og Indien havde til hensigt at gøre Kashmir til en del af deres respektive unioner, og den tidligere fyrstestat blev hurtigt et omstridt territorium – hvor Indien og Pakistan kontrollerede dele af det – og et brændpunkt for fremtidige konflikter. Økonomisk set var situationen i Pakistan desperat; materialer fra de indiske fabrikker blev afskåret fra Pakistan, hvilket forstyrrede det nye lands sparsomme industri, handel og landbrug. Desuden havde karakteren af delingen og dens eftervirkninger medført flugt af millioner af flygtninge på begge sider af skellet, ledsaget af frygtelige massakrer. Udvandringen af et så stort antal desperate mennesker i begge retninger krævede en hurtig reaktion, som ingen af landene var parat til at håndtere, mindst af alt Pakistan.
Som følge af den uløste krig i Kashmir og de kommunale blodsudgydelser i begge landes gader kom Indien og Pakistan hver især til at se den anden som deres dødsfjende. Pakistanerne havde forventet en opdeling af Indiens materielle, finansielle og militære aktiver. I virkeligheden ville der ikke blive nogen. New Delhi havde ingen intentioner om at dele Britisk Indiens aktiver med sin største modstander og dermed skabe en balance mellem de to lande. Desuden betød Indiens overlegne geopolitiske position og, vigtigst af alt, Indiens kontrol over de vitale floder, der flød ind i Pakistan, at det muslimske lands vandforsyninger var overladt til sin større, fjendtlige nabo. Pakistans tilstand var så prekær efter uafhængigheden, at mange iagttagere mente, at landet næppe kunne overleve seks måneder, og at Indiens mål om et forenet subkontinent fortsat var en klar mulighed.