I 1947 bliver Mary Lennox fundet forladt i sit hjem i Britisk Indien, da hendes forældre er døde af kolera, og hun bliver glemt i delingens uroligheder. Mary bliver sendt til sin onkel, Lord Archibald Cravens Misselthwaite Manor i Yorkshire, England. Hun er en ubehagelig og uvenlig ung pige, som har måttet undertrykke sine egne følelser under sin opvækst i Raj.
Da hun ankommer, møder hun Mrs Medlock, en streng og fast dame, som er Lord Cravens husholderske. Mary får besked på ikke at gå på opdagelse i huset og er spærret inde på sit værelse om natten. Der møder hun Martha, en tjenestepige, som er forvirret over hendes krav.
Mary får lov til at forlade huset for at udforske godset og skoven i nærheden og støder på en omstrejfende hund, som hun kalder Jemima. Senere samme aften hører hun små skrig og jamren i korridorerne og finder kun Lord Cravens sengeliggende søn, Colin Craven.
Den næste dag møder Mary Lord Craven i hans arbejdsværelse, og han siger til hende, at hun ikke skal lave nogen problemer. Mary fortsætter sin opdagelsesrejse gennem skoven og finder en skjult have ved at klatre op ad en mur. Senere, på vej hjem, kalder hun på Marthas bror Dickon, som forsvinder i hedenes tåge. Senere finder hun Jemimas ben fanget i en fælde. Hun hjælper Jemima og befrier hende fra fælden, men hunden løber væk ind i haven. Så Mary fortsætter med at gå på opdagelse.
Mary bliver derefter guidet af en Robin til en stenstatue i haven, som har en nøgle til haven i sig. Hun forlader haven, da fru Medlock råber efter hende. Tilbage på godset møder Mary Colin igen, da han fortæller om at have en pukkelrygget ryg og ikke at kunne gå. Hun fortæller ham om haven på godset, men Colin er uinteresseret. Ved at snuse rundt senere finder hun et rum med billeder af både Marys mor og Grace Craven, og hun snupper en souvenir, en perlehalskæde.
Den næste dag vender Mary tilbage til haven og finder Dickon, som tilbyder at hjælpe med at helbrede Jemima. Mary bringer derefter Colin i sin kørestol for første gang ind i det samme rum med sin mors billeder og kjoler. Både Mary og Dickon udtænker en plan om at tage Colin med i haven i håb om at helbrede hans immobilitet, men da de vender tilbage, konfronterer fru Medlock Mary med, at hun har stjålet perlehalskæden, og hun bliver straffet ved at blive skrevet op til en kostskole. Senere finder Mary, som er indespærret og låst inde på sit værelse, breve mellem sin mor og tante i en gyngehest. Hun overtaler Colin til at læse dem, og de tre fortsætter med at læse breve i haven.
En deprimeret og distraheret Lord Craven sætter ild til skrivebordet, mens han tænder et stearinlys. Næste morgen er Mary, Dickon og Colin i haven, da de ser sort røg komme fra huset. Colin overtaler Mary og Dickon til at løbe hen for at tjekke det ud. Mary går ind i det brændende hus og finder hr. Craven, der febrilsk leder efter sin søn i ilden. Hun forsøger forgæves at overbevise ham om, at han skal flygte, da hans søn er i sikkerhed udenfor, men han gør modstand, indtil spøgelset af hans kone guider dem sikkert ud, mens brandvæsenet ankommer. En ængstelig Lord Craven og Mrs Medlock går sammen med Mary og Dickon til Colin i den hemmelige have. Lord Craven ser med ærefrygt på sin søns mobilitet, mens de genopliver deres forhold.
Filmen slutter med Lord Craven, der genopbygger ejendommen, og Mary, Dickon og Colin, der hygger sig i den hemmelige have.