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Un trouble fonctionnel est un état médical qui altère le fonctionnement normal des processus corporels et qui reste largement non détecté à l’examen, à la dissection ou même au microscope. À l’extérieur, il n’y a aucune apparence d’anomalie. Cela s’oppose à un trouble structurel (dans lequel on peut voir qu’une partie du corps est anormale) ou à un trouble psychosomatique (dans lequel les symptômes sont causés par une maladie psychologique ou psychiatrique). Les définitions varient quelque peu selon les domaines de la médecine.
Généralement, le mécanisme à l’origine d’un trouble fonctionnel est inconnu, mal compris ou parfois sans importance pour le traitement. On pense souvent que le cerveau ou les nerfs sont impliqués. Il est fréquent qu’une personne présentant un trouble fonctionnel en ait d’autres.