Le NCBI teste une nouvelle façon de trouver et de récupérer des gènes orthologues de vertébrés. Pour trouver des orthologues, entrez un symbole de gène (par exemple, RAG1) ou un symbole de gène combiné à un groupe taxonomique (par exemple, primate RAG1). Sélectionnez l’entrée correspondante dans le menu des suggestions ou vous pouvez sélectionner l’option orthologues (par exemple, orthologues de Rag1) pour voir tous les orthologues. Votre recherche renverra un lien vers l’ensemble des orthologues fournis par la ressource Gene du NCBI. Cliquez sur le lien des résultats pour voir les informations pour ce groupe d’orthologues (Figure 1).
Figure 1. Recherche d’orthologues de Rag1 montrant le lien vers l’ensemble des gènes RAG1 des vertébrés.
Sur la page des orthologues (Figure 2), vous pouvez sélectionner des séquences de transcription ou de protéines pour les télécharger ou les aligner, utiliser l’arbre taxonomique pour affiner vos résultats et descendre jusqu’au niveau des espèces. Vous trouverez des informations plus détaillées sur les gènes avec des liens vers BLAST et GDV, le navigateur de génome du NCBI. Vous obtenez également un accès rapide à la littérature de PubMed en fonction de votre sélection.
Figure 2. L’ensemble des orthologues de RAG1 pour les vertébrés à mâchoires avec des liens vers le gène, les séquences de référence, le téléchargement de la séquence et l’alignement. L’onglet Littérature fournit les citations PubMed pertinentes pour les orthologues sélectionnés. L’arbre de taxonomie vous permet de trouver rapidement des résultats détaillés pour une espèce particulière comme le singe rhésus.
Si vous recherchez un ensemble de gènes orthogènes, essayez ceci et faites-nous savoir ce que vous en pensez. Restez à l’écoute pour les mises à jour !