La zone des cellules T (gaine périartériolaire) et les follicules des cellules B contiennent des populations discrètes de macrophages ; cependant, on ne sait pas grand-chose de ces populations de macrophages en termes d’origine et de durée de vie. Ces macrophages ne sont pas propres à la rate mais font partie intégrante des parties lymphoïdes de tous les organes lymphoïdes secondaires.
Dans les follicules de cellules B, les macrophages jouent un rôle important dans l’élimination des cellules B apoptotiques qui se produisent pendant la réaction du centre germinal dans le processus d’hypermutation somatique et de changement d’isotype. Les cellules B qui ne peuvent pas former leurs récepteurs appropriés meurent par apoptose et sont ensuite éliminées par les macrophages du centre germinal. Pendant les réactions intensives du centre germinal, ce processus est évident en raison de la présence de gros macrophages dans le centre germinal, appelés macrophages du corps tingible. (Ils sont appelés ainsi car leurs « corps tingibles » représentent des noyaux apoptotiques condensés). Pour que les cellules apoptotiques soient prises en charge par les macrophages, il est important que la phosphatidylsérine soit exprimée sur la surface externe des cellules apoptotiques, ce qui est reconnu par de multiples récepteurs. Les macrophages du corps tangible expriment : la tyrosine kinase Mer, le facteur de croissance épidermique 8 du globule gras du lait et Tim-4, tout cela favorisant l’engloutissement des cellules apoptotiques dans les macrophages.
Les macrophages sont également présents dans la zone des cellules T de la pulpe blanche mais leur rôle est moins bien compris. Cette population de macrophages peut être trouvée dans toutes les autres zones de cellules T des organes lymphoïdes secondaires. Il est possible que ces macrophages soient les descendants de monocytes en patrouille qui ont pénétré dans la pulpe blanche à partir du sang. Du fait de leur positionnement à côté des cellules T, il est suggéré que ces macrophages ont un rôle dans la présentation des antigènes ou l’élimination des lymphocytes mourants.