Dokładna przyczyna amputacji wrodzonej jest nieznana i może wynikać z wielu przyczyn. Jednak większość przypadków pokazuje, że pierwsze trzy miesiące ciąży to okres, w którym występuje większość wad wrodzonych, ponieważ właśnie wtedy zaczynają się tworzyć organy płodu. Jedną z częstych przyczyn jest zespół pasm owodniowych, który występuje, gdy wewnętrzna błona płodowa (owodnia) pęka bez uszkodzenia błony zewnętrznej (kosmówka). Włókniste pasma z pękniętej owodni unoszą się w płynie owodniowym i mogą zaplątać się w płód, zmniejszając ukrwienie rozwijających się kończyn do tego stopnia, że może dojść do ich uduszenia; tkanki obumierają i zostają wchłonięte do płynu owodniowego. U dziecka z wrodzoną amputacją może brakować części kończyny lub całej kończyny, co skutkuje całkowitym brakiem kończyny poza pewnym punktem, w którym pozostaje tylko kikut, jest znane jako niedobór poprzeczny lub amelia. Kiedy brakuje konkretnej części, określa się to jako brak podłużny. Wreszcie, phocomelia występuje, gdy tylko środkowa część kończyny brakuje; na przykład, gdy ręce lub stopy są bezpośrednio połączone z tułowia body.Amnion pęknięcia mogą być spowodowane przez:
- teratogenne leki (np. talidomid, który powoduje fokomelię), lub chemikalia środowiskowe
- promieniowanie jonizujące (broń atomowa, radiojod, radioterapia)
- infekcje
- zaburzenia równowagi metabolicznej
- uraz
Amputacja wrodzona jest najrzadziej występującym powodem amputacji, ale w badaniu opublikowanym w BMC Musculoskeletal Disorders stwierdzono, że 21.1 na 10 000 dzieci urodziło się z brakującą lub zdeformowaną kończyną w latach 1981-2010 w Holandii, a CDC szacuje, że 4 na 10 000 dzieci rodzi się w Stanach Zjednoczonych z redukcjami kończyn górnych i 2 na 10 000 z redukcjami kończyn dolnych. W pewnych okresach w historii udokumentowano wzrost liczby amputacji wrodzonych. Jednym z przykładów jest tragedia talidomidu, która miała miejsce w latach 60. XX wieku, kiedy to ciężarnym matkom podawano lek uspokajający zawierający szkodliwy narkotyk, co spowodowało wzrost liczby dzieci urodzonych bez kończyn.
.