NCBI test een nieuwe manier om orthologe gewervelde genen te vinden en op te zoeken. Om orthologe genen te vinden voert u een gensymbool in (bijv. RAG1) of een gensymbool gecombineerd met een taxonomische groep (bijv. primaat RAG1). Selecteer het overeenkomende item uit het suggestiemenu of selecteer de optie orthologs (bv. Rag1 orthologs) om alle orthologs te zien. Uw zoekactie levert een link op naar de set orthologs van NCBI’s Gene resource. Klik op de resultatenlink om de informatie voor die orthologgroep te bekijken (figuur 1).
Figuur 1. Zoeken naar Rag1-orthologs met de link naar de reeks RAG1-genen van gewervelde dieren.
Op de ortholog-pagina (afbeelding 2) kunt u transcript- of eiwitsequenties selecteren om te downloaden of uit te lijnen, de taxonomieboom gebruiken om uw resultaten te verfijnen, en doorklikken tot op soortniveau. U vindt meer gedetailleerde geninformatie met links naar BLAST en GDV, de genoombrowser van NCBI. U krijgt ook snel toegang tot literatuur van PubMed op basis van uw selectie.
Figuur 2. De set RAG1 orthologs voor gewervelde kaakdieren met links naar genen, referentiesequenties, sequentiedownload en alignment. Het tabblad Literatuur bevat relevante PubMed-citaten voor de geselecteerde orthologs. Met de Taxonomy Tree kunt u snel gedetailleerde resultaten vinden voor een bepaalde soort, zoals Rhesusaap.
Als u op zoek bent naar een set orthogologe genen, probeer dit dan eens uit en laat ons weten wat u ervan vindt. Blijf op de hoogte voor updates!