Comme l’Inde, le Pakistan a obtenu son indépendance en tant que dominion au sein du Commonwealth en août 1947. Cependant, les dirigeants de la Ligue musulmane refusent que Lord Mountbatten, le dernier vice-roi britannique de l’Inde, soit le premier gouverneur général du Pakistan, ou chef d’État – contrairement au Congrès, qui en fait le chef de l’exécutif de l’Inde. Se méfiant des machinations de la Grande-Bretagne et désireux de récompenser Jinnah – leur « Grand Leader » (Quaid-e Azam), titre qu’il avait reçu avant l’indépendance – les Pakistanais en firent leur gouverneur général ; son lieutenant au sein du parti, Liaquat Ali Khan, fut nommé premier ministre. Le premier gouvernement du Pakistan avait cependant une tâche difficile à accomplir. Contrairement à la vision antérieure de Muhammad Iqbal pour le Pakistan, le pays avait été formé à partir des deux régions où les musulmans étaient majoritaires – la partie nord-ouest qu’il avait épousée et les territoires et la région orientale de la province du Bengale (qui avait elle-même été divisée entre l’Inde et le Pakistan). Les deux ailes du Pakistan étaient donc séparées par quelque 1 600 km de territoire indien souverain, sans voies de communication simples entre elles. La prise de conscience du fait que les richesses et les ressources de l’Inde britannique avaient été concédées à l’Inde compliquait encore la tâche du nouveau gouvernement pakistanais. Le Pakistan n’avait guère que l’enthousiasme brut pour le soutenir, surtout pendant les mois qui ont suivi immédiatement la partition. En fait, la survie du Pakistan semblait être dans la balance. De toutes les provinces bien organisées de l’Inde britannique, seules les régions relativement arriérées du Sind, du Baloutchistan et de la province de la Frontière du Nord-Ouest sont arrivées intactes au Pakistan. Les provinces autrement plus développées du Pendjab et du Bengale ont été divisées et, dans le cas du Bengale, le Pakistan n’a reçu guère plus que l’arrière-pays rural densément peuplé.
Ajoutant au dilemme du nouveau gouvernement pakistanais non éprouvé, la crise du Cachemire, qui a provoqué une guerre entre les deux États voisins dans la période suivant immédiatement leur indépendance. Le Pakistan et l’Inde avaient tous deux l’intention de faire du Cachemire une composante de leurs unions respectives, et l’ancien État princier est rapidement devenu un territoire contesté – l’Inde et le Pakistan en contrôlant certaines parties – et un point chaud pour les conflits futurs. Sur le plan économique, la situation au Pakistan était désespérée ; les matériaux provenant des usines indiennes étaient coupés du Pakistan, ce qui perturbait les maigres activités industrielles, commerciales et agricoles du nouveau pays. En outre, le caractère de la partition et ses conséquences avaient provoqué la fuite de millions de réfugiés des deux côtés de la ligne de partage, accompagnée de terribles massacres. L’exode d’un si grand nombre de personnes désespérées dans chaque direction exigeait une réponse urgente, qu’aucun des deux pays n’était prêt à gérer, et encore moins le Pakistan.
En conséquence de la guerre non résolue au Cachemire et des saignées communautaires dans les rues des deux pays, l’Inde et le Pakistan en sont venus chacun à considérer l’autre comme son ennemi mortel. Les Pakistanais s’attendaient à une division des ressources matérielles, financières et militaires de l’Inde. En fait, il n’y en aura pas. New Delhi n’a manifesté aucune intention de partager les actifs de l’Inde britannique avec son principal adversaire, établissant ainsi un équilibre entre les deux pays. En outre, la position géopolitique supérieure de l’Inde et, surtout, son contrôle des rivières vitales qui se déversent au Pakistan signifient que les réserves d’eau du pays musulman sont à la merci de son voisin plus grand et hostile. La situation du Pakistan était si précaire après l’indépendance que de nombreux observateurs pensaient que le pays pourrait à peine survivre six mois et que l’objectif de l’Inde d’unifier le sous-continent restait une possibilité distincte.