Les mycobactéries sont des bactéries immobiles, en forme de bâtonnets à croissance lente, à Gram positif et à forte teneur en G+C génomique (61-71%). En raison de leurs caractéristiques particulières de coloration au microscope, qui est médiée par l’acide mycolique dans la paroi cellulaire, elles sont appelées acido-fast. C’est aussi la raison de la rusticité des mycobactéries.
Les mycobactéries peuvent être divisées en trois groupes :
- Le complexe Mycobacterium tuberculosis – agent pathogène responsable de la tuberculose
- Mycobactéries non tuberculeuses (MNT)
- Mycobacterium leprae. – agent pathogène responsable de la lèpre
Complexe Mycobacterium tuberculosis
Les agents pathogènes responsables de la tuberculose sont des mycobactéries qui appartiennent au complexe M. tuberculosis complex. Ce complexe comprend les espèces suivantes :
- M. tuberculosis
- M. bovis (subsp. bovis et caprae)
- souche vaccinale M. bovis BCG (Bacille Calmette-Guérin)
- M. africanum
- M. canettii
- M. microti
- M. pinnipedii
Ces espèces sont, à l’exception de M. bovis BCG, considérées comme responsables de la tuberculose (TB) chez l’homme et l’animal. Malgré leur étroite similitude génétique, ces organismes diffèrent considérablement en ce qui concerne l’épidémiologie, la pathogénicité et leur spectre d’hôtes.
M. tuberculosis est considéré comme la principale cause de tuberculose chez l’homme.
En 1882, le médecin et microbiologiste allemand Robert Koch a découvert que M. tuberculosis était l’agent pathogène responsable de la phtisie. Grâce à cette découverte, le diagnostic de la maladie a pu être considérablement amélioré. Koch a publié ses conclusions le 24 mars 1882 dans la Société de physiologie de Berlin. C’est pourquoi le 24 mars est aujourd’hui la Journée mondiale de la tuberculose, lancée par l’Organisation mondiale de la santé (OMS).
Les infections tuberculeuses surviennent généralement chez des patients souffrant de tuberculose pulmonaire active et donc infectieuse. Les agents pathogènes sont transmis par des gouttelettes dans l’air, par la toux ou les éternuements. Le risque d’infection est accru par de mauvaises conditions d’hygiène et dans les zones densément peuplées. Comme les agents pathogènes infectent les cellules du système immunitaire, appelées macrophages, les nourrissons et les personnes immunodéprimées sont particulièrement exposés. Dans la plupart des cas, le système immunitaire parvient à combattre les bactéries ou à les encapsuler. Les mycobactéries peuvent alors persister dans l’organisme pendant plusieurs années sous forme de tuberculose latente sans provoquer de symptômes. Il est impossible de prévoir quand et si une réactivation se produit. Même si tous les organes peuvent être touchés, la maladie se manifeste par une tuberculose pulmonaire chez 80% des patients.
M. bovis est la principale cause de la tuberculose bovine. Il peut être transmis à l’homme par la consommation de lait non pasteurisé ou, dans de rares cas, par l’inhalation de la poussière des étables. De nos jours, cette infection est assez rare en Europe centrale car la population bovine est largement exempte de tuberculose.
M. bovis peut être divisé en deux sous-espèces, M. bovis subsp. bovis et M. bovis subsp. caprae. Alors que ce dernier est sensible à la pyrazinamide (PZA), M. bovis subsp. bovis est résistant.
La souche vaccinale BCG, qui a été développée à partir de M. bovis, est rarement utilisée de nos jours dans la plupart des pays européens car son efficacité n’est pas claire, les effets secondaires sont fréquents et la situation épidémiologique ne nécessite pas la vaccination. Néanmoins, l’OMS recommande toujours la vaccination par le BCG pour les enfants de moins d’un an dans les pays à haut risque.
Un groupe hétérogène de souches que l’on trouve principalement en Afrique et qui provoque exclusivement la tuberculose chez l’homme, est appelé M. africanum. M. canettii a été principalement isolé de petits rongeurs, tandis que M. pinnipedii a été détecté chez les phoques. En de très rares occasions, ces agents pathogènes se sont avérés causer la tuberculose chez l’homme.
Tuberculose
La TB peut être trouvée partout dans le monde et, à part le VIH/SIDA et le paludisme, c’est l’une des maladies infectieuses les plus fréquentes. Selon des estimations récentes, un tiers de la population mondiale serait infecté par la tuberculose. Selon l’OMS, chaque année, plus de neuf millions de personnes sont nouvellement infectées par la tuberculose et environ deux millions en meurent. Environ 95 % de tous les patients nouvellement infectés vivent dans les pays en développement. Le fait que de plus en plus de mycobactéries résistantes apparaissent et que les co-infections avec le VIH sont fréquentes rend la lutte contre la tuberculose encore plus difficile.
Il existe quatre paramètres importants pour l’endiguement de la tuberculose :
- Diagnostic précoce
- Prévention de la propagation de la maladie
- Traitement efficace par antituberculeux
- Prévention du développement de la résistance
Mycobactéries non tuberculeuses
Le groupe des mycobactéries non tuberculeuses (MNT), anciennement appelé mycobactéries atypiques ou ubiquistes, contient plus de 150 espèces. Les MNT sont omniprésentes dans la nature et présentent une grande diversité quant à leur localisation et leur adaptation à certaines conditions environnementales. Elles peuvent être détectées dans le sol, les eaux souterraines et l’eau potable, ainsi que dans des aliments comme le lait ou le fromage pasteurisés. En général, les MNT sont moins pathogènes. Néanmoins, elles peuvent provoquer des maladies chez l’homme, en particulier chez les personnes immunodéprimées ou celles qui souffrent de maladies pulmonaires antérieures.
Le complexe M. avium (MAC) comprend les espèces M. avium et M. intracellulare qui comptent parmi les MNT pathogènes les plus importantes et les plus fréquentes. Tout comme M. kansasii, M. malmoense et M. xenopi, elles provoquent principalement des infections pulmonaires. M. marinum est responsable d’infections de la peau et des tissus mous comme le granulome d’aquarium. En général, les patients ont été en contact avec un aquarium.
Le diagnostic des MNT est souvent difficile. La décision si une infection nécessite un traitement ne peut être prise que lorsque le même agent pathogène est détecté dans différents échantillons d’un même patient.
Les MNT peuvent être cultivées sur des milieux de culture liquides et solides courants. Selon leur vitesse de croissance et leur production de pigments, elles sont classées en 4 groupes (classification de RUNYON) :
Groupe I : photochromogène (souches produisant des pigments sous l’influence de la lumière), MNT à croissance lente (par exemple M. kansasii, M. marinum)
Groupe II : skotochromogène (souches produisant des pigments même dans l’obscurité), MNT à croissance lente (par exemple M. scrofulaceum, M. gordonae)
Groupe III : non chromogène (les souches ne produisent pas de pigments), MNT à croissance lente (par exemple M. avium, M. haemophilum)
Groupe IV : MNT à croissance rapide (par ex.M. abscessus, M. chelonae)
Les MNT sont actuellement classées en fonction de leur taux de croissance et sont divisées en mycobactéries à croissance lente (SGM) et à croissance rapide (RGM). Elles appartiennent au groupe RGM si, dans des conditions idéales, elles se développent en moins de sept jours et au groupe SGM si elles ont besoin de plus de sept jours pour se développer.
Il n’existe pas de thérapie standard pour le traitement des infections à NTM. La thérapie dépend toujours de l’espèce respective et de ses résistances aux antibiotiques.
Au cours des dernières décennies, une augmentation du nombre d’infections à MNT a pu être observée dans le monde entier, mais surtout dans les pays à faible prévalence de tuberculose. Par conséquent, des diagnostics fiables constituent la base d’une thérapie réussie.
Leprose
La lèpre est une maladie infectieuse chronique qui est causée par Mycobacterium leprae. Cette bactérie (« bacille de Hansen ») a été décrite pour la première fois en 1873 par le médecin norvégien Gerhard H. Armauer Hansen. En raison de son taux de prolifération lent avec un temps de génération de 10 à 14 jours, la période d’incubation peut durer plusieurs mois, voire des années. Pour être infecté, il faut être en contact étroit avec un patient. Bien que le mécanisme exact de transmission ne soit pas clair, on soupçonne une infection par gouttelettes. Seuls 5 % des personnes peuvent développer la lèpre, les autres étant génétiquement immunisées. Néanmoins, ils peuvent devenir porteurs et infecter quelqu’un d’autre.
La plupart des infections lépreuses ne présentent pas de signes pathologiques et guérissent spontanément. Selon les directives de l’OMS, la lèpre peut être divisée en lèpre paucibacillaire (tuberculoïde) et multibacillaire (lépromateuse). La première progresse lentement et peut être facilement traitée. La seconde forme, plus infectieuse, se caractérise par une progression rapide de la maladie due à une forte prolifération des bactéries et se manifeste par des ulcères sur les mains, les pieds, les oreilles ou le visage.
En général, la lèpre est guérissable. Néanmoins, si la maladie est diagnostiquée trop tard, les voies nerveuses peuvent être endommagées de manière irréversible. Comme la lèpre peut être traitée, elle a pratiquement disparu dans les pays qui offrent de bons soins de santé. En revanche, dans de nombreux pays en développement, la maladie constitue toujours un grave problème de santé. Les personnes qui souffrent de la lèpre sont également confrontées aux problèmes sociaux qui vont de pair avec la maladie. De plus, le traitement devient de plus en plus difficile car les résistances aux antibiotiques sont devenues de plus en plus fréquentes ces dernières années.
La lèpre est diagnostiquée en fonction des symptômes cliniques et par des diagnostics de laboratoire. Malheureusement, M. leprae ne peut pas être cultivé comme les autres mycobactéries. La culture et les tests de résistance ne réussissent que sur des modèles animaux et prennent environ un an. De plus, le diagnostic microscopique des frottis cutanés ou nasaux est souvent difficile car les échantillons sont faussement négatifs dans 70 % des cas. Par conséquent, la détection de l’ADN bactérien dans les frottis cutanés par PCR est généralement la méthode de choix.
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