Le terme morphologie en biologie fait référence à la forme, la structure et la configuration d’un organisme.Cela inclut les aspects de l’apparence extérieure (forme, structure, couleur, motif) ainsi que la forme et la structure des parties internes comme les os et les organes. Ceci est en contraste avec la physiologie, qui traite principalement de la fonction.
La morphologie est une branche des sciences de la vie traitant de l’étude de la structure brute d’un organisme ou d’un taxon et de ses parties constituantes. Elle peut être subdivisée en deux branches distinctes : l’anatomie est l’étude de la structure et des organes internes d’un organisme. L’étude de l’apparence externe d’un organisme est appelée eidonomie, mais bien que prédominante au début de l’histoire de la biologie, elle est aujourd’hui peu étudiée en particulier car elle est mûre par les effets de l’évolution convergente. Elle apporte donc moins d’informations nouvelles sur les organismes que l’anatomie, et c’est pourquoi l’apparence externe des formes de vie est généralement étudiée dans le cadre d’investigations générales en morphologie, par exemple dans le contexte de recherches phylogénétiques.
On utilise également le terme de « morphologie brute », qui désigne les aspects proéminents ou principaux de la morphologie d’un organisme ou d’un taxon. Une description de la morphologie brute d’un organisme comprendrait, par exemple, sa forme générale, sa couleur générale, ses principales marques, etc. mais pas les détails plus fins.
La plupart des taxons diffèrent morphologiquement des autres taxons. Généralement, les taxons étroitement apparentés diffèrent beaucoup moins que les taxons plus éloignés, mais il existe des exceptions à cette règle. Les espèces cryptiques sont des espèces qui semblent très similaires, voire identiques en apparence, mais qui sont isolées sur le plan de la reproduction. À l’inverse, il arrive que des taxons non apparentés acquièrent une apparence similaire par évolution convergente ou même par mimétisme. Un autre problème lié au fait de se fier aux données morphologiques est que ce qui peut sembler, morphologiquement parlant, être deux espèces distinctes, peut en fait être démontré par l’analyse de l’ADN comme étant une seule espèce.