Située en Asie du Sud-Est, la Malaisie, d’une superficie de 329 750 km² (127 317 mi²), est constituée de deux zones non contiguës : La Malaisie péninsulaire (anciennement Malaisie occidentale), sur le continent asiatique, et les États de Sarawak et Sabah, connus ensemble sous le nom de Malaisie orientale, sur l’île de Bornéo. Comparativement, la superficie occupée par la Malaisie est légèrement plus grande que celle de l’État du Nouveau-Mexique. La Malaisie péninsulaire, qui fait saillie au sud du continent asiatique, a une superficie de 131 587 km2 (50 806 mi2) et s’étend sur 748 km (465 mi) du SSE au NO et sur 322 km (200 mi) de l’ENE au SO. Il est bordé au nord par la Thaïlande, à l’est par la mer de Chine méridionale, au sud par le détroit de Johore, et à l’ouest par le détroit de Malacca et la mer d’Andaman, avec une longueur totale de 2 068 km (1 285 mi). Le Sarawak, qui couvre une superficie de 124 449 km² (48 050 mi²), sur la côte nord-ouest de Bornéo, s’étend sur 679 km (422 mi) NNE-SSW et 254 km (158 mi) ESE-WNW. Il est délimité par le Brunei au nord, le Sabah au nord-est, l’Indonésie à l’est et au sud, et la mer de Chine méridionale à l’ouest. La longueur totale de la frontière du Sarawak est de 2 621 km (1 629 mi). Situé à l’extrémité nord de Bornéo, Sabah a une superficie de 74 398 km² (28 725 mi²), une longueur de 412 km (256 mi) d’est en ouest et une largeur de 328 km (204 mi) du nord au sud. Au N se trouve le détroit de Balabac, au NE la mer de Sulu, au SE la mer de Célèbes, au S l’Indonésie, au SW le Sarawak, et à l’O la mer de Chine méridionale, avec une longueur totale de 2 008 km (1 248 mi). La longueur totale des frontières de la Malaisie est de 7 344 km (4 563 mi), dont 4 675 km (2 905 mi) de littoral.
La Malaisie revendique plusieurs atolls du groupe d’îles Spratly dans la mer de Chine méridionale. Cette revendication, dans une région où l’on soupçonne la présence de pétrole, est contestée par la Chine, les Philippines, Taïwan et le Vietnam. La capitale de la Malaisie, Kuala Lumpur, est située dans la partie occidentale de la Malaisie péninsulaire.