A veleszületett amputáció pontos oka ismeretlen, és számos okból eredhet. A legtöbb eset azonban azt mutatja, hogy a terhesség első három hónapjában fordul elő a legtöbb születési rendellenesség, mert ekkor kezdenek kialakulni a magzat szervei. Az egyik leggyakoribb ok az amnionszalag-szindróma, amely akkor következik be, amikor a belső magzati hártya (amnion) a külső hártya (chorion) sérülése nélkül megreped. A megrepedt amnionból származó rostos szalagok a magzatvízben úsznak, és belegabalyodhatnak a magzatba, így a fejlődő végtagok vérellátása olyan mértékben csökken, hogy a végtagok megfulladhatnak; a szövetek elhalnak és felszívódnak a magzatvízbe. A veleszületett amputációval született csecsemőnél hiányozhat egy végtag egy része vagy az egész végtag, ami a végtag teljes hiányát eredményezi egy bizonyos ponton túl, ahol csak egy csonk marad, az úgynevezett keresztirányú hiány vagy amelia. Ha egy adott rész hiányzik, azt hosszanti hiánynak nevezzük. Végül fokomélia akkor fordul elő, amikor a végtagnak csak egy középső része hiányzik; például amikor a kezek vagy a lábak közvetlenül a törzshez kapcsolódnak.amnionrepedést okozhatnak:
- teratogén gyógyszerek (pl. Contergan, amely phocomeliát okoz), vagy környezeti vegyi anyagok
- ionizáló sugárzás (atomfegyverek, radiojód, sugárterápia)
- fertőzések
- metabolikus egyensúlyhiány
- trauma
A veleszületett amputáció a legkevésbé gyakori oka az amputációnak, de a BMC Musculoskeletal Disorders című szaklapban megjelent tanulmány szerint 21 .10 000 csecsemőből 1 hiányzó vagy deformált végtaggal született 1981 és 2010 között Hollandiában, és a CDC becslése szerint az Egyesült Államokban 10 000 csecsemőből 4 születik felső végtagcsökkenéssel és 10 000-ből 2 alsó végtagcsökkenéssel. A történelem bizonyos időszakaiban a veleszületett amputációk számának növekedését dokumentálták. Az egyik példa erre az 1960-as években bekövetkezett Contergan-tragédia, amikor a terhes anyáknak olyan nyugtatót adtak, amely tartalmazta a káros gyógyszert, ami a végtagok nélkül született gyermekek számának növekedéséhez vezetett.