Monet elintarvikkeet, jotka ovat nykyään arkipäivää päivittäistavarakaupoissa, tulivat markkinoille ensimmäisen kerran 1800-luvun lopulla ja 1900-luvun alussa. Paul Braggin, Sylvester Grahamin, John Harvey Kelloggin, George Ohsawan, Ellen Whiten ja muiden kaltaisten varhaisten terveyspioneerien ponnistelut herättivät kiinnostuksen terveysruokaa kohtaan. Jo 1920- ja 1930-luvuilla Yhdysvalloissa ja Yhdistyneessä kuningaskunnassa alettiin avata luontaistuotekauppoja, joissa myytiin tuotteita, kuten mustamelassia ja panimohiivaa.
Ensimmäisen varhaisen luontaistuotekaupan perusti Thomas Martindale vuonna 1869 ”Thomas Martindale Company” -nimellä Oil Cityyn, Pennsylvaniaan. Vuonna 1875 Thomas Martindale siirsi kaupan Philadelphiaan. Se tunnetaan Yhdysvaltojen vanhimpana luontaistuotekauppana, ja se on edelleen itsenäisessä omistuksessa. Martindalen perhe siirsi myymälän lopulta 10th ja Filbert St. -kadulle vuonna 1920, ja 1930-luvun uusi kiinnostus terveyteen ja hyvinvointiin vaikutti siihen voimakkaasti. Kauppa valmisti omaa kahvinkorvikettaan, joka oli valmistettu kuivatuista viikunoista nimellä ”Figco”. Lounasravintolassa myytiin terveellisiä elintarvikkeita, ja kaikki leivonnaiset makeutettiin hunajalla tai vaahterasiirapilla. Lopulta myymälä kehittyi Martindale’s Natural Marketiksi, joka on edelleen olemassa.
Vuonna 1896 Birminghamissa Englannissa rakennettiin uusi rakennus James Henry Cookin kasvisravintolalle, joka oli yksi ensimmäisistä Englannissa. Vuonna 1898 samalle paikalle avattiin ”The Pitman Vegetarian Hotel”, joka oli nimetty kuuluisan kasvissyöjän Sir Isaac Pitmanin mukaan, ja omistajat avasivat sittemmin pitkään toimineen luontaistuotekaupan.
Frank A. Sawall, joka oli aiemmin työskennellyt John Harvey Kelloggin kanssa, alkoi myydä kivennäisjauhejuomia ovelta ovelle ja luennoida ympäri Yhdysvaltoja vitamiini- ja kivennäisainelisien hyödyistä ennen kuin hän avasi Sawall Health Food Products, Inc.:in, vuonna 1936, joka on Yhdysvaltojen vanhin perheomisteinen luontaistuotekauppa, joka on edelleen olemassa. Se aloitti jauhemaisilla kivennäisaineilla ja vitamiineilla ja myi myös luonnonmukaisia ja orgaanisia elintarvikkeita. Frank A. Sawallia, joka oli biokemisti, kuvailtiin eri puolilla Yhdysvaltoja ilmestyneissä sanomalehdissä ”Amerikan erinomaiseksi terveysopettajaksi ja kansallisesti tunnetuksi ravitsemusasiantuntijaksi”. Hän luennoi laajalti keskilännessä ja itärannikolla. Frank A. Sawall, laajensi myymälöitään Michiganissa, mukaan lukien Detroit, Kalamazoo, Bay City, Grand Rapids ja Lansing. Hän loi Yhdysvaltojen ensimmäisen luontaistuotekauppaketjun. Sawall Health Foodsia johtaa nyt viidennessä sukupolvessa Sawall. Sawall’s on Yhdysvaltojen vanhin perheomistuksessa oleva luontaistuotekauppa.
Vuoden 1976 Proxmiren vitamiinilakia, joka esti FDA:ta määrittelemästä ravintolisiä ”lääkkeiksi”, pidettiin tuolloin suurena saavutuksena luontaistuoteteollisuudessa. Senaattori William Proxmire oli naimisissa Ellen Hodges Sawallin kanssa.
Terveysravintotutkimuksen ylläpitämä New Westminsterin myymälä avattiin vuonna 1954 Vancouverin laitamilla, Brittiläisessä Kolumbiassa. Sen perusti Ella Birzneck, ja sen esikuvana olivat osittain venäläiset ”lääkäripuodit”, joissa oli lääkkeitä, yrttejä ja erikoisruokia. Aetherius Society avasi yhden ensimmäisistä itsenäisistä terveysruokakaupoista Isossa-Britanniassa osoitteessa 767 Fulham Road, Lontoo, vuonna 1966. Sen varastoon kuului hunajaa, pähkinöitä ja siemeniä sekä hedelmämehuja ja siiderietikkaa.
Terveysruokakaupat yleistyivät huomattavasti 1960-luvulla liittyen vasta syntyneeseen ekologiseen liikkeeseen ja vastakulttuuriin.
Monet luontaistuotekaupat ovat työntekijöiden omistamia osuuskuntia ja kuluttajaosuuskuntia, mikä johtui osittain osuuskuntien ostovoiman kyvystä tuoda alhaisemmat kustannukset kuluttajille ja niiden suosion kasvusta 1960- ja 1970-lukujen vastakulttuuriliikkeen aikana.
Viimeisen vuosikymmenen aikana luontaistuotekaupat ja erityisesti luomuruoka ovat tulleet valtavirtaan. Yritykset, kuten Whole Foods Market, suuri monikansallinen yritys, ovat hyötyneet suuresti ja kasvaneet merkittävästi tämän laajentumisen aikana.