Los críticos del sello de la ciudad de Southampton han pasado por alto otra discrepancia significativa en la imagen del peregrino: Los ingleses que reclamaron Southampton eran puritanos y no peregrinos. Southampton, al igual que Southold, East Hampton, Oyster Bay y Huntington, se estableció como un puesto de avanzada de la colonia de New Haven, fundada por los puritanos John Davenport y Theophilus Eaton en 1638. Aunque a veces se ha descrito a los peregrinos como puritanos extremos, su historia en América indica diferencias sustanciales entre ambos.
Los peregrinos eran separatistas que se asentaron por primera vez en Plymouth, Massachusetts, en 1620, y más tarde establecieron puestos comerciales en el río Kennebec, en Maine, en Cabo Cod y cerca de Windsor, Connecticut. Los puritanos eran no separatistas que, en 1630, se unieron a la migración para establecer la Colonia de la Bahía de Massachusetts. En 10 años los puritanos se asentaron en la mayor parte de Massachusetts, Connecticut y zonas de Long Island.
Los separatistas puritanos rechazaban la Iglesia de Inglaterra y los restos de catolicismo que ésta representaba. Los puritanos no separatistas, aunque igualmente fervientes en sus convicciones religiosas, estaban comprometidos con la reforma de la Iglesia de Inglaterra y la restauración de la sociedad cristiana primitiva.
Las consideraciones prácticas de la colonización y la gran extensión del océano entre Inglaterra y América acabaron por modificar las diferencias entre peregrinos y puritanos en el Nuevo Mundo. En 1691 Plymouth se incorporó a la Colonia de la Bahía de Massachusetts.