La masacre de Glen Coe
La revolución en Inglaterra se había llevado a cabo casi sin derramamiento de sangre, pero en Escocia e Irlanda hubo resistencia armada. Ésta se derrumbó en Escocia en 1689, pero el país siguió siendo problemático e inestable durante todo el reinado de Guillermo. En 1692, Alexander MacDonald, de Glen Coe, y algunos miembros de su clan fueron asesinados a sangre fría por haberse retrasado en el juramento de fidelidad a Guillermo. Guillermo ordenó una investigación, pero no tomó ninguna medida hasta que en 1695 el Parlamento escocés exigió una investigación pública. Entonces mostró una indulgencia culpable con los infractores, limitándose a destituir de su secretaría a Sir John Dalrymple, a quien se atribuyó finalmente la responsabilidad de la masacre. En Irlanda la guerra estalló formalmente en 1689, cuando Jaime desembarcó allí con apoyo francés. Pero la exitosa defensa de Londonderry y de Enniskillen, y la propia victoria de Guillermo en la batalla del Boyne el 1 de julio de 1690, aseguraron la reconquista de Irlanda y le permitieron dirigir su atención al continente europeo. Aquí, tras una serie de ataques menores al imperio, Luis XIV había invadido el Palatinado en 1688. Los holandeses y el emperador concluyeron el Tratado de Viena (mayo de 1689) y declararon la guerra a Luis; durante los 18 meses siguientes, la rara habilidad diplomática de Guillermo atrajo a la alianza a Brandemburgo, Hannover, Sajonia, Baviera, Saboya y España, así como a Inglaterra, que se convirtió en su eje.
Desde 1691 Guillermo pasó mucho tiempo haciendo campaña en el continente con diversos grados de éxito, pero en 1696 una serie de factores hicieron que ambas partes estuvieran ansiosas por la paz, y los Tratados de Rijswijk se firmaron en 1697. Sin embargo, la cuestión, vital para el equilibrio de poder europeo, de quién iba a suceder al rey Carlos II de España, sin hijos, seguía sin resolverse, y Guillermo tenía buenas razones para temer que la paz no fuera más que una tregua. El Parlamento inglés, por el contrario, estaba convencido de que sería duradera, insistió en reducir el tamaño del ejército y se volcó decididamente en los asuntos exteriores. Guillermo, con la esperanza de evitar una nueva guerra, firmó dos tratados de partición de España (1698-99) con Luis, medidas que le implicaron graves fricciones con el Parlamento. Pero cuando el rey español murió el 1 de noviembre de 1700, Luis, ignorando sus acuerdos, aceptó la corona de España para su nieto y pronto demostró que no había renunciado a sus planes de engrandecimiento francés.
William, aunque obstaculizado por la apatía inglesa, se dedicó a reconstruir la Gran Alianza y a preparar a sus dos países para el ya inevitable conflicto. En septiembre de 1701 murió el exiliado Jacobo II, y Luis XIV proclamó a su hijo rey de Inglaterra, en contra de lo acordado en uno de los tratados de Rijswijk, despertando así el entusiasmo de los ingleses por la guerra. Guillermo no vivió para ver esta guerra declarada. Su salud llevaba mucho tiempo empeorando, y en marzo de 1702 murió. Sus planes para un acuerdo europeo se llevaron a cabo en gran medida por el Tratado de Utrecht (1713). Su ideal, que había perseguido tenazmente durante 30 años, era un orden internacional en el que ninguna potencia pudiera tiranizar al resto.