La zona de células T (vaina periarteriolar) y los folículos de células B contienen poblaciones discretas de macrófagos; sin embargo, no se sabe mucho sobre estas poblaciones de macrófagos en cuanto a su origen y duración. Estos macrófagos no son exclusivos del bazo, sino que forman parte integral de las partes linfoides de todos los órganos linfoides secundarios.
En los folículos de células B, los macrófagos son importantes para eliminar las células B apoptóticas que se producen durante la reacción del centro germinal en el proceso de hipermutación somática y cambio de isotipo. Los linfocitos B que no pueden formar sus receptores adecuados mueren por apoptosis y posteriormente son eliminados por los macrófagos del centro germinal. Durante las reacciones intensas del centro germinal, este proceso es evidente debido a la presencia de los grandes macrófagos del centro germinal, conocidos como macrófagos del cuerpo tingible. (Se llaman así porque sus «cuerpos tingibles» representan núcleos apoptóticos condensados). Para que las células apoptóticas sean captadas por los macrófagos, es importante que se exprese fosfatidilserina en la superficie externa de las células apoptóticas, que es reconocida por múltiples receptores. Los macrófagos del cuerpo tangible expresan: la tirosina quinasa Mer, el factor de crecimiento epidérmico 8 de los glóbulos grasos de la leche y Tim-4, todo lo cual favorece el engullimiento de las células apoptóticas en los macrófagos.
Los macrófagos también están presentes en la zona de las células T de la pulpa blanca, pero su papel es menos conocido. Esta población de macrófagos puede encontrarse en todas las demás zonas de células T de los órganos linfoides secundarios. Es posible que estos macrófagos sean descendientes de los monocitos patrulleros que entraron en la pulpa blanca desde la sangre. Al estar situados junto a las células T, se sugiere que estos macrófagos tienen un papel en la presentación de antígenos o en la eliminación de linfocitos moribundos.