Al igual que la India, Pakistán alcanzó la independencia como dominio dentro de la Commonwealth en agosto de 1947. Sin embargo, los líderes de la Liga Musulmana rechazaron que Lord Mountbatten, el último virrey británico de la India, fuera el primer gobernador general o jefe de Estado de Pakistán, a diferencia del Congreso, que lo nombró jefe del ejecutivo de la India. Recelosos de las maquinaciones británicas y deseosos de recompensar a Jinnah -su «Gran Líder» (Quaid-e Azam), título que recibió antes de la independencia-, los paquistaníes le nombraron gobernador general; su lugarteniente en el partido, Liaquat Ali Khan, fue nombrado primer ministro. El primer gobierno de Pakistán, sin embargo, tenía una difícil tarea por delante. A diferencia de la visión anterior de Muhammad Iqbal para Pakistán, el país se había formado a partir de las dos regiones en las que los musulmanes eran mayoritarios: la parte noroccidental que él había propugnado y los territorios y la región oriental de la provincia de Bengala (que a su vez también se había dividido entre India y Pakistán). Por lo tanto, las dos alas de Pakistán estaban separadas por unas 1.000 millas (1.600 km) de territorio indio soberano, sin rutas sencillas de comunicación entre ellas. Para complicar aún más la labor del nuevo gobierno pakistaní, se dio cuenta de que la riqueza y los recursos de la India británica habían sido concedidos a la India. Pakistán no tenía mucho más que el entusiasmo de los indios para sostenerse, especialmente durante los meses que siguieron a la partición. De hecho, la supervivencia de Pakistán parecía pender de un hilo. De todas las provincias bien organizadas de la India británica, sólo las zonas relativamente atrasadas de Sind, Baluchistán y la Provincia de la Frontera del Noroeste llegaron intactas a Pakistán. Las provincias de Punjab y Bengala, por lo demás más desarrolladas, fueron divididas y, en el caso de Bengala, Pakistán recibió poco más que el interior rural densamente poblado.
Al dilema del nuevo y no probado gobierno de Pakistán se sumó la crisis de Cachemira, que provocó una guerra entre los dos estados vecinos en el período inmediatamente posterior a su independencia. Tanto Pakistán como India pretendían hacer de Cachemira un componente de sus respectivas uniones, y el antiguo estado principesco se convirtió rápidamente en un territorio en disputa -con India y Pakistán controlando partes de él- y en un punto álgido para futuros conflictos. Desde el punto de vista económico, la situación en Pakistán era desesperada; los materiales de las fábricas indias estaban aislados de Pakistán, lo que perturbaba la escasa industria, el comercio y la agricultura del nuevo país. Además, el carácter de la partición y sus consecuencias habían provocado la huida de millones de refugiados a ambos lados de la línea divisoria, acompañada de terribles masacres. El éxodo de un número tan grande de personas desesperadas en cada dirección exigía una respuesta urgente, que ninguno de los dos países estaba preparado para gestionar, y menos aún Pakistán.
Como consecuencia de la guerra no resuelta en Cachemira y el derramamiento de sangre comunal en las calles de ambos países, India y Pakistán llegaron a ver al otro como su enemigo mortal. Los pakistaníes habían previsto una división de los activos materiales, financieros y militares de India. De hecho, no habría ninguna. Nueva Delhi no mostró ninguna intención de dividir los activos de la India británica con su principal adversario, estableciendo así un equilibrio entre los dos países. Además, la posición geopolítica superior de la India y, sobre todo, su control de los ríos vitales que desembocaban en Pakistán, significaba que el suministro de agua del país musulmán estaba a merced de su vecino más grande y hostil. La situación de Pakistán era tan precaria tras la independencia que muchos observadores creían que el país apenas podría sobrevivir seis meses y que el objetivo de India de un subcontinente unificado seguía siendo una posibilidad clara.