El juego se desvía de la jugabilidad tradicional de la serie Mario Kart, donde el objetivo es llegar a la meta en primer lugar; este juego utiliza un sistema basado en puntos. Hay cuatro opciones de velocidad: 50cc (es decir, «tranquila»), 100cc («rápida»), 150cc («muy rápida») y 200cc («demasiado rápida»). A diferencia de las anteriores entregas de la serie, gran parte de la conducción (sobre todo la aceleración y los saltos) se realiza automáticamente. Mario Kart Tour incluye características de anteriores juegos de Mario Kart, como las carreras submarinas y el ala delta de Mario Kart 7. Este juego introduce un nuevo modo Frenesí, que se produce cuando un piloto consigue tres objetos idénticos de una caja de objetos. Cada personaje puede conseguir un objeto único (también conocido como «Habilidad especial») de las cajas de objetos.
Mario Kart Tour introduce un nuevo formato llamado «Tours». Los tours llevan el nombre de ciudades del mundo real, de personajes de la serie Mario, de juegos de la serie Mario o de otros temas (como la cocina y las vacaciones). Cada tour tiene una duración de dos semanas, comenzando el miércoles a las 6 a.m. UTC. En una gira, los jugadores pueden competir en entre doce y dieciocho copas y coleccionar pilotos, karts y planeadores que representan las ciudades o temas correspondientes. También hay pilotos, karts y planeadores destacados mientras una gira dura dos semanas. Cada copa consta de tres recorridos y un desafío extra. Los circuitos de las copas anteriores pueden reutilizarse para las copas siguientes. La mayoría de las carreras tienen dos vueltas, mientras que la mayoría de los desafíos de bonificación se realizan en una vuelta. Las copas también llevan el nombre de algunos de los pilotos del juego en lugar de los elementos habituales de la franquicia Mario.
Después de que el jugador termine una carrera, se le conceden Grandes Estrellas para desbloquear regalos del circuito, monedas y puntos de experiencia para el personaje, el kart y el planeador utilizados. Si el jugador termina entre los tres primeros, ganará algunos puntos de jugador para su nivel. Si el jugador termina en 5º lugar o por debajo, el medidor de nivel disminuirá. Cuando el jugador llene el medidor por completo, subirá de nivel y obtendrá una recompensa. Cada campo también tiene un límite de puntos de experiencia. Actualmente, el nivel máximo del jugador es 150.
Cada día el jugador puede ganar hasta 450 puntos de experiencia por cada personaje, kart y planeador y 300 monedas por las carreras (900 puntos de experiencia y 600 monedas si el jugador está suscrito al Pase de Oro). Una vez alcanzados estos límites, el jugador no podrá obtener más puntos de experiencia por los personajes, karts y planeadores, ni recoger más monedas de las carreras diarias hasta la mañana siguiente a las 6:00 UTC. Para seguir ganando más puntos de experiencia o recogiendo monedas, el jugador puede jugar a Coin Rush para conseguir más monedas o utilizar tickets de aumento de puntos para los personajes, karts y planeadores.
En el desafío de bonificación de cada copa, el jugador debe hacer el requisito para completar la copa. El personaje que aparece en la imagen del desafío de bonificación siempre se selecciona, aunque el jugador no lo tenga todavía. Completar un desafío de bonificación otorga tres Grandes Estrellas en lugar de cinco. Algunos desafíos también permiten al jugador elegir cualquier personaje, kart y planeador.
Cada semana, la copa de un tour es un torneo. 20 jugadores se colocan en una tabla de clasificación basada en la puntuación global de la copa. Para el miércoles siguiente, Lakitu anuncia lo bien que lo hizo el jugador. El jugador subirá de nivel y ganará algunas recompensas si su posición final está cerca de los primeros puestos, pero perderá uno o dos niveles si termina mal. El jugador también recibe una recompensa si la puntuación del jugador y de sus amigos alcanza una determinada cantidad.
Este juego incluye carreras contra oponentes controlados por la IA con nombres de usuario diseñados para hacer creer a los jugadores que están jugando contra otros jugadores humanos. Además, una prueba beta para la función multijugador de este juego comenzó desde «aproximadamente las 11:00 PM PT del 18 de diciembre de 2019 hasta las 9:59 PM PT del 26 de diciembre de 2019» y solo estuvo disponible para los suscriptores del Gold Pass. Del 22 de enero de 2020 al 28 de enero de 2020, hubo una prueba multijugador para todos los jugadores del juego.
A las 8 PM PT del 8 de marzo de 2020, se lanzó oficialmente la función multijugador en Mario Kart Tour. Todos los jugadores «pueden correr contra hasta siete jugadores más, ya sea que estén registrados como amigos en el juego, cerca de su ubicación o incluso dispersos por todo el mundo.» Mientras tanto, «las Carreras de Oro están disponibles exclusivamente para los suscriptores del Pase de Oro de Mario Kart Tour». Una de las principales diferencias entre las Carreras Estándar (para los jugadores sin el Pase Dorado) y las Carreras Doradas es la selección de la velocidad: en las Carreras Estándar solo hay disponibles 100cc, mientras que en las Carreras Doradas hay disponibles 150cc y 200cc. Hay un rango multijugador (que va de la F a la A, de la S a la S+6 si estás suscrito al Pase Dorado) para cada jugador. Un porcentaje para el rango aumentará cuando un jugador gane en una carrera multijugador, pero disminuirá o permanecerá sin cambios durante una pérdida.
El juego originalmente solo podía jugarse en modo retrato, sin embargo el 21 de julio de 2020, el juego recibió una actualización que permitió a los jugadores jugar también en modo paisaje.