Años tempranos
Pederson nació en Bellingham, Washington, en 1968. Asistió a la Ferndale High School en la cercana Ferndale, Washington, y fue una selección All-State en fútbol, baloncesto y béisbol. Después del instituto, se graduó en la Northeast Louisiana University, donde fue quarterback de 1987 a 1990. Todavía tiene varios récords de pases en la escuela.
Profesional
Delfines de Miami
Pederson firmó originalmente como agente libre novato por los Delfines de Miami el 1 de mayo de 1991, fuera de la Universidad del Noreste de Luisiana (ahora Universidad de Luisiana en Monroe) en Monroe, Luisiana. Fue renunciado el 17 de agosto de 1991, antes del comienzo de la temporada regular. Tras pasar la temporada de 1991 como agente libre, los New York/New Jersey Knights de la Liga Mundial de Fútbol Americano (WLAF) lo reclutaron en la quinta ronda del primer grupo de jugadores elegibles para el draft el 4 de febrero de 1992. El segundo grupo, en el que fue drafteado el 20 de febrero, estaba formado por jugadores asignados por los equipos de la NFL a la liga. Fue el mariscal de campo suplente de Reggie Slack con los Knights de marzo a mayo de 1992.
Una vez finalizada la temporada de la WLAF, fue contratado nuevamente por los Dolphins el 2 de junio de 1992. Pederson pasó el campamento de entrenamiento de 1992 con los Dolphins, antes de ser liberado de nuevo durante los cortes finales de la lista. Posteriormente, fue reincorporado a la escuadra de prácticas del equipo, donde practicó en el equipo de exploración hasta que fue renunciado el 8 de octubre de 1992. Los Dolphins lo volvieron a contratar después de la temporada, el 3 de marzo de 1993. Después de su tercer campo de entrenamiento con los Dolphins, fue renunciado nuevamente el 31 de agosto de 1993. Por segunda temporada consecutiva, Pederson fue contratado de nuevo en la plantilla de prácticas del equipo, el 1 de septiembre de 1993. Dan Marino, el mariscal de campo titular de los Dolphins desde 1983, se rompió el tendón de Aquiles en un partido de la sexta semana contra los Cleveland Browns el 10 de octubre de 1993, obligando al suplente Scott Mitchell a reemplazarlo. Pederson reemplazó a Marino en la lista activa, y sirvió como respaldo de Mitchell durante los siguientes cuatro partidos. Pederson debutó en la NFL el 24 de octubre de 1993, en un partido de la octava semana contra los Indianapolis Colts. Ayudó al entrenador principal Don Shula a ganar su récord de la NFL de 325 victorias como entrenador cuando Mitchell sufrió una separación del hombro en un partido de la semana 11 contra los Philadelphia Eagles el 14 de noviembre de 1993. En ese partido que rompió el récord del entrenador Shula, Pederson entró en el tercer cuarto del partido y se fue 3 de 6 para 34 yardas, y completó varios terceros downs cruciales. Pederson fue capaz de llevar a los Dolphins a la victoria. Pederson también sirvió de respaldo a Steve DeBerg, recientemente adquirido, durante los tres partidos que Mitchell se perdió por lesión. Entró brevemente en un partido de la semana 14 contra los New York Giants mientras DeBerg recibía puntos de sutura en la cara. Mitchell regresó como titular de los Dolphins después de la semana 15, y Pederson fue liberado en favor del respaldo DeBerg y del mariscal de campo de tercera línea Hugh Millen el 16 de diciembre de 1993.Pederson volvió a firmar con los Dolphins el 16 de abril de 1994, después de terminada la temporada. Pasó toda la temporada de 1994 en la lista activa de los Dolphins como tercer mariscal de campo detrás de Marino y Bernie Kosar. El 15 de febrero de 1995, Pederson fue seleccionado por los Carolina Panthers en la vigésima segunda ronda del Draft de Expansión de la NFL, después de haber sido colocado en la lista de jugadores disponibles de los Dolphins el 19 de enero, pero fue liberado el 24 de mayo de 1995. Regresó a la Liga Mundial después de su liberación, jugando con el Rhein Fire. Pederson volvió a firmar con los Dolphins en junio de 1995. Después de competir con Dan McGwire durante todo el campo de entrenamiento, Pederson fue despedido el 22 de agosto de 1995. Marino sufrió una lesión de rodilla durante un partido de la sexta semana, por lo que Pederson volvió a ser contratado el 10 de octubre para actuar como tercer quarterback detrás de Kosar y McGwire durante los dos siguientes partidos. Fue liberado de nuevo después de que Marino regresara para la semana 9, el 24 de octubre.
Primera temporada con los Packers
Pederson se ejerció con los Green Bay Packers después de la semana 10 de 1995, debido a una lesión de final de temporada sufrida por el suplente Ty Detmer y una lesión menor sufrida por el titular Brett Favre. El mariscal de campo de tercera línea, T. J. Rubley, se vio obligado a jugar en la semana 10 y lanzó una intercepción que terminó el juego después de llamar a un audible, yendo en contra de la llamada de juego del entrenador en jefe Mike Holmgren. Los Packers contrataron a Bob Gagliano como tercer mariscal de campo para las semanas 11 y 12. Pederson reemplazó a Gagliano como mariscal de campo de tercera línea cuando firmó con los Packers el 22 de noviembre de 1995. Los Packers reclamaron a Jim McMahon de los Browns para que sirviera como reserva de Favre por delante de Pederson y Rubley el 29 de noviembre de 1995. Rubley fue retirado el 13 de diciembre, dejando a McMahon y Pederson como refuerzos de Favre. Favre no se perdió ningún partido, por lo que Pederson no vio ningún partido con los Packers en 1995. Pederson se desempeñó como tercer mariscal de campo detrás de Favre y McMahon en 1996, jugando en un partido pero sin registrar estadísticas. Recibió un anillo del Super Bowl tras la victoria de los Packers sobre los Patriots en el Super Bowl XXXI. Volvió a firmar con los Packers con un contrato de dos años el 20 de febrero de 1997. Pederson volvió a ser el tercer mariscal de campo a lo largo de 1997, respaldando a Favre y a Steve Bono. Pederson se impuso a Rick Mirer por el puesto de suplente de Favre, así como por el puesto de pateador principal, en 1998. En una derrota de la quinta semana ante los Minnesota Vikings, Pederson sustituyó a Favre en los últimos cinco minutos de un partido muy disputado, y lanzó dos touchdowns en su lugar. Sin embargo, Pederson sufrió una fractura de mandíbula que lo dejó fuera de los siguientes cuatro partidos del equipo.
Águilas de Filadelfia
Pederson firmó un contrato de tres años y 4,5 millones de dólares con las Águilas de Filadelfia el 18 de febrero de 1999, para convertirse en el mariscal de campo titular del equipo bajo el nuevo entrenador en jefe Andy Reid, quien fue el entrenador de mariscales de campo de Pederson en Green Bay de 1997 a 1998. Los Eagles reclutaron a Donovan McNabb con la segunda selección general en el Draft de la NFL de 1999 en abril de 1999, y Reid dijo que Pederson seguiría siendo el titular hasta que McNabb estuviera listo para jugar. En sus nueve inicios con los Eagles, Pederson tuvo un récord de 2-7, un porcentaje de finalización del 51,6%, 1.168 yardas de pase, seis touchdowns y nueve intercepciones. En su primer partido como titular, en la semana 1 contra los Arizona Cardinals, Pederson lanzó dos touchdowns en el primer cuarto para ayudar a dar a los Eagles una ventaja de 21-0. Sin embargo, los Cardinals remontaron y ganaron el partido con un gol de campo cuando el tiempo expiraba, 25-24. Pederson hizo 12 de 25 para 91 yardas y dos touchdowns en el partido. McNabb sustituyó a Pederson, que sufrió una contusión en el hombro de lanzar, después de una mitad en la derrota de la semana 2 ante los Tampa Bay Buccaneers, en la que Pederson se fue 12 de 19 para 100 yardas y una intercepción. Pederson fue el titular en la derrota de la semana 3 (26-0) ante los Buffalo Bills, con 14 de 26 para 137 yardas y dos balones perdidos, antes de ser sustituido por McNabb de nuevo en el último cuarto. En una derrota de la semana 4 ante los New York Giants, Pederson se fue 6 de 15 para 75 yardas y dos intercepciones antes de ser reemplazado por McNabb después del medio tiempo. La primera victoria de Pederson en la NFL llegó en la semana 5 en un partido contra los Dallas Cowboys. Jugó todo el partido, con 11 de 29 para 145 yardas, un touchdown y una intercepción. Pederson jugó la totalidad de los tres partidos siguientes, registrando un récord de 1-2 y lanzando tres touchdowns y tres intercepciones. En su último partido como Eagle, Pederson fue enviado al banquillo en el descanso de un partido de la 9ª semana contra los Carolina Panthers, después de realizar 3 de 9 para 28 yardas y de ir perdiendo 23-0. No volvió a ver acción como mariscal de campo hasta un partido de la semana 14 contra los Cowboys en el que McNabb sufrió una lesión en el último cuarto. Pederson hizo 8 de 12 para 108 yardas y un touchdown en la derrota, y Koy Detmer recibió la titularidad por delante de él en la semana 15 con McNabb todavía lesionado. Después de pasar el campamento de entrenamiento de la siguiente temporada con el equipo, los Eagles liberaron a Pederson el 28 de agosto de 2000.
Cleveland Browns
Pederson consideró el retiro después de ser liberado por los Eagles, pero en su lugar firmó un contrato de dos años con los Cleveland Browns el 2 de septiembre de 2000. El suplente de los Browns, Ty Detmer, sufrió una lesión que puso fin a la temporada, y los Browns necesitaban un mariscal de campo suplente para el titular Tim Couch. Esta fue la segunda vez en la carrera de Pederson que fue contratado para reemplazar a un Ty Detmer lesionado. Pederson comenzó como tercer mariscal de campo detrás de Couch y Spergon Wynn, hasta que Couch sufrió una lesión que puso fin a la temporada en la semana 7. Pederson fue titular en los siguientes seis partidos, con un récord de 1-5. En un partido de la semana 13 contra los Baltimore Ravens, fue sacado del juego con costillas magulladas y reemplazado por Wynn. Wynn fue titular la semana siguiente contra los Jaguares de Jacksonville, pero sufrió una lesión que puso fin a la temporada y Pederson lo sustituyó. Pederson volvió para los dos últimos partidos de la temporada, perdiendo ambos, incluyendo una derrota por 35-24 contra su antiguo equipo, los Eagles, y una derrota por 24-0 contra los Tennessee Titans. Pederson fue liberado después de la temporada el 22 de febrero de 2001.
Green Bay Packers (segunda etapa)
Los Packers volvieron a contratar a Pederson por un año el 13 de marzo de 2001, para reemplazar al reserva Matt Hasselbeck, que fue traspasado a los Seattle Seahawks. Pederson fue el principal refuerzo de Favre durante toda la temporada de 2001, y fue el principal encargado de las patadas de posición en todos los partidos. El 2 de abril de 2002 fue contratado de nuevo por los Packers por un año y 650.000 dólares. Pederson volvió a ser el mariscal de campo suplente y titular principal en los 16 partidos de 2002. En un partido de la semana 7 contra los Washington Redskins, Favre sufrió un esguince de rodilla y Pederson tomó la mayor parte de los turnos en la segunda mitad, yendo 9 de 15 para 78 yardas para ayudar a ganar el partido 30-9. Pederson también jugó en partidos contra los Miami Dolphins, Detroit Lions y New York Jets. Volvió a firmar con los Packers un contrato de un año y 750.000 dólares el 29 de abril de 2003. Por tercera temporada consecutiva, Pederson respaldó a Favre en los 16 partidos y se encargó de los lanzamientos. Completó sus dos pases durante la temporada regular para un total de 16 yardas. Los Packers volvieron a contratar a Pederson por un año el 28 de abril de 2004. Tim Couch fue contratado para competir por el puesto de mariscal de campo suplente, pero perdió ante Pederson y fue liberado el 5 de septiembre de 2004. En un partido de la semana 3 contra los Indianapolis Colts, Pederson sustituyó a Favre en una derrota por goleada y realizó 4 de 6 para 34 yardas y una intercepción. La semana siguiente, un partido de la semana 4 contra los New York Giants, Favre sufrió una conmoción cerebral en el tercer cuarto, y Pederson lo reemplazó como mariscal de campo. Pederson hizo 7 de 17 para 86 yardas y una intercepción en la derrota antes de sufrir un golpe en el costado en el tercer cuarto que le provocó una fisura en la espalda, un desgarro muscular en el costado y una costilla rota. Permaneció en el partido hasta el último snap, cuando fue sustituido por el quarterback de tercera línea Craig Nall. Pederson fue colocado en la reserva de lesionados el 7 de octubre, poniendo fin a su temporada. Se retiró en marzo de 2005 para convertirse en entrenador jefe de la Calvary Baptist Academy.