La tortura se utilizaba sólo para obtener una confesión y no estaba destinada a castigar realmente al hereje acusado por sus crímenes. Algunos inquisidores recurrían a la inanición, obligaban a los acusados a consumir y retener grandes cantidades de agua u otros líquidos, o amontonaban carbones encendidos en partes de su cuerpo. Pero estos métodos no siempre funcionaban lo suficientemente rápido para su gusto.
El strappado es una forma de tortura que comenzó con la Inquisición medieval. En una versión, las manos del acusado se ataban a la espalda y la cuerda se enrollaba sobre un tirante en el techo de la cámara o se sujetaba a una polea. Luego se levantaba al sujeto hasta que colgaba de sus brazos. Esto podía hacer que los hombros se salieran de sus órbitas. A veces, los torturadores añadían una serie de caídas, sacudiendo al sujeto hacia arriba y hacia abajo. Podían añadirse pesos en los tobillos y en los pies para que el ahorcamiento fuera aún más doloroso.
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El potro de tortura era otro conocido método de tortura asociado a la inquisición. El sujeto tenía las manos y los pies atados o encadenados a rodillos en uno o ambos extremos de un marco de madera o metal. El torturador hacía girar los rodillos con una manivela, que tiraba de las cadenas o cuerdas en incrementos y estiraba las articulaciones del sujeto, a menudo hasta que se dislocaban. Si el torturador seguía girando los rodillos, los brazos y las piernas del acusado podían ser arrancados. A menudo, el simple hecho de ver cómo se torturaba a otra persona en el potro era suficiente para hacerla confesar.
Mientras los herejes acusados estaban en el strappado o en el potro, los inquisidores a menudo aplicaban otros dispositivos de tortura a sus cuerpos. Entre ellos se encontraban pinzas de metal calentadas, tenazas, botas u otros dispositivos diseñados para quemar, pellizcar o mutilar de otro modo sus manos, pies u orificios corporales. Aunque la mutilación estaba técnicamente prohibida, en 1256, el Papa Alejandro IV decretó que los inquisidores podían exculparse mutuamente de cualquier delito que pudieran haber cometido durante las sesiones de tortura.
Los inquisidores necesitaban extraer una confesión porque creían que era su deber devolver al acusado a la fe. Una confesión verdadera daba lugar a que el acusado fuera perdonado, pero normalmente se le obligaba a absolverse realizando penitencias, como peregrinaciones o llevando múltiples y pesadas cruces.
Si el acusado no confesaba, los inquisidores podían condenarlo a cadena perpetua. Los reincidentes -personas que confesaban, luego se retractaban y volvían públicamente a sus costumbres heréticas- podían ser «abandonados» al «brazo secular» . Básicamente, significaba que aunque los propios inquisidores no ejecutaban a los herejes, podían dejar que otras personas lo hicieran.
La pena capital sí permitía la quema en la hoguera. En algunos casos, a los herejes acusados que habían muerto antes de su sentencia definitiva se les desenterraba, quemaba y arrojaba sus cadáveres o huesos. El último acto inquisitorial en España ocurrió en 1834, pero todas las Inquisiciones siguieron teniendo un impacto duradero en el catolicismo, el cristianismo y el mundo en general. En la siguiente sección, veremos cómo se ven las Inquisiciones hoy en día.