La epidermis de un Crocodilia embrionario, joven o semidesarrollado contiene la rete Malpighii: una sola capa de células cortas y cilíndricas. Sobre la rete hay células algo aplanadas, en forma de disco, formadas por la división transversal de las células de la rete subyacente. En el exterior se encuentra la capa epitricial, un mosaico de células poligonales, cada una con un núcleo ovalado cerca de su centro. Entre las células epitriciales hay pequeños agujeros ovalados, no muy diferentes de los estomas de la epidermis de los tejidos vegetales. Bronn cree que no son artefactos, pero no sugiere ninguna explicación de su aparición.
En la rete Malpighii, corta y cilíndrica, hay células aplanadas que gradualmente se vuelven muy planas y pierden sus núcleos al pasar a la capa córnea.El estrato córneo está formado por células fuertemente aplanadas en las que los núcleos ya no pueden verse con claridad, aunque su localización puede determinarse normalmente por los grupos de gránulos de pigmento. En las células de las capas más superficiales del estrato córneo se observan líneas rectas y oscuras, tal vez crestas causadas por la presión de las células poligonales suprayacentes o subyacentes. Las células individuales de la capa córnea suelen aislarse fácilmente en las regiones del vientre y el cuello, donde nunca llegan a ser muy gruesas; pero en la espalda las células de esta capa son muy numerosas y se fusionan entre sí para formar las placas óseas; aquí la rete es la única capa claramente diferenciada. Si las células espinosas están presentes en la epidermis del cocodrilo Bronn no está seguro, aunque cree que probablemente lo estén.
Rathke señaló que en la superficie de ciertos pliegues del tegumento, especialmente en la región de las mandíbulas, se encuentran en todos los Crocodilia ciertas elevaciones pequeñas, dispersas, parecidas a verrugas, alrededor de cada una de las cuales suele haber un surco circular estrecho y poco profundo; suelen tener un color marrón oscuro, pero a veces un color gris o incluso blanco. El examen microscópico muestra que estas verrugas son de origen epidérmico, formadas por células redondas y brillantes que están estrechamente unidas, sin sustancia intercelular visible. El tratamiento con hidróxido de potasio y luego con agua mostrará a veces, aunque no siempre, núcleos granulares finos en las células. Probablemente en todos los miembros del género Crocodilus, al menos se encuentra, en la espina dorsal del lado derecho y del lado izquierdo del cuello y del tronco, una pequeña fosa plana que tiene la apariencia de la abertura de una glándula integumental. Las fosas están presentes también en las escamas de la garganta, bajo el lado del cuello, los lados del cuerpo, las superficies laterales y ventrales de la mitad anterior de la cola y las patas. Están cerca del borde posterior de las escamas. Sólo ocasionalmente se encuentran dos fosetas en una escama. Estas fosas se encuentran en las gavias, pero están ausentes en algunos caimanes, probablemente en todos. En el centro de algunas fosas sobresale una pequeña perilla. Estas fosas no son aberturas de glándulas, sino que tienen aproximadamente la misma estructura que las fosas que se ven en la cabeza.
Los huesos integumentales de los cocodrilos se originan en el tejido conectivo del cutis. Las investigaciones en animales jóvenes demuestran que estos huesos suelen tener su origen en las capas inferiores y medias de la cutis y generalmente se dirigen hacia la periferia.