La police a commencé à chercher Brian au Ugly Tuna, le bar où il avait été vu pour la dernière fois. Comme la zone autour de la passerelle du campus sud était quelque peu délabrée, avec un taux de criminalité élevé, le bar avait installé des caméras de sécurité. Ils ont examiné la vidéo, sur laquelle on pouvait voir Brain, Florence et Reed monter un escalator jusqu’à l’entrée principale du bar à 1h15 du matin. Brian a été vu à l’extérieur du bar vers 1:55, quarante minutes après y être entré, parlant brièvement à deux jeunes femmes et leur disant au revoir. Il a disparu du viseur de la caméra et s’est dirigé vers les escaliers menant au bar, apparemment pour retourner à l’intérieur. Mais la caméra n’a pas enregistré son départ peu après, à la fermeture du bar.
Les enquêteurs ont compris qu’il était possible qu’il ait pu se changer dans le bar ou mettre une casquette et, la tête baissée, contourner la caméra et dissimuler son visage. Les enquêteurs pensent qu’il a pu sortir par une autre porte de l’établissement. Cependant, cette porte était réservée à l’usage du service et n’était pas utilisée par le public, sauf en cas d’urgence. La zone vers laquelle menait la sortie débouchait ensuite sur un chantier de construction que les agents ont jugé difficile à traverser dans un état normal, pour ne pas dire dans un état d’ébriété après avoir quitté une soirée de beuverie.
Comme Columbus possède le plus grand nombre de caméras de sécurité de toutes les villes de l’Ohio, plus que Cleveland, Cincinnati et Toledo réunies, les agents ont vérifié les images d’autres bars pour voir si ces caméras pouvaient expliquer comment Brian avait quitté le bar de beuverie. Cependant, les images des caméras de trois autres bars voisins n’ont montré aucune trace de Brian.
La recherche a commencé à s’étendre à partir de l’Ugly Tuna, les agents, parfois accompagnés de chiens policiers, regardant attentivement la rue, inspectant les poubelles et demandant aux résidents s’ils l’avaient vu. Des affiches et des pages à l’effigie de Brian ont été placardées dans toute la ville, citant comme signe d’identité un tatouage sur le haut de son bras droit de l’icône du single Alive du groupe Pearl Jam, dont il était fan. La police a même persuadé la ville de les laisser entrer dans le système d’égouts et y effectuer des recherches. Aucune information utile n’a été découverte. Dans l’appartement de Brian sur King Avenue, son véhicule était toujours garé à l’extérieur. Et à l’intérieur de l’appartement, rien ne semblait anormal.
Après avoir cherché dans toutes les directions à des kilomètres du bar, la police a commencé à envisager d’autres possibilités qu’un accident ou un acte criminel. Sa mère étant morte récemment, on a supposé qu’il était parti temporairement pour faire son deuil dans la solitude. Cependant, sa disparition s’est avérée être permanente. Aucune raison évidente n’a émergé pour sa disparition volontaire.
Les personnes qui avaient vu Brian cette nuit-là, y compris son père, ont été invitées à passer des tests de détection de mensonges. Reed et Randy Shaffer ont passé les leurs, comme tout le monde, tandis que Florence a refusé. Les deux femmes à qui Brian a été vu parler pour la dernière fois ont été identifiées plus tard. Ils ont témoigné en 2009 qu’on ne leur a pas demandé de passer au détecteur de mensonges.
Waggoner appelait le téléphone de Brian tous les soirs avant le coucher, longtemps après la disparition. Il laissait généralement ses messages sur la messagerie vocale, mais une nuit de septembre, celle-ci a sonné trois fois. « Je continuais à l’appeler pour l’écouter simplement parce que c’était l’un des meilleurs sons que j’avais jamais entendus, même si personne ne répondait », a-t-il écrit sur sa page MySpace. Cingular, le fournisseur de services sans fil de Brian, a déclaré que ce que Waggoner a entendu était peut-être dû à un problème informatique. Un ping du téléphone a été détecté sur une tour cellulaire à Hilliard, à 23 km au nord-ouest de Columbus.
La police a reçu de nombreux tuyaux, dont aucun n’a permis de faire des avancées majeures dans cette affaire. Lors d’un concert de Pearl Jam à Cincinnati la même année, le chanteur Eddie Vedder a pris le temps, entre les chansons, de demander des conseils sur la disparition de Brian, mais aucun n’a été utile non plus. Des observations possibles dans le Michigan, au Texas et même en Suède ont été étudiées.
Randy Shaffer a poursuivi seul la recherche de son fils. Un médium qu’elle a consulté lui a dit que le corps de Brian était dans l’eau près de la pile d’un pont. Lui et Derek, le frère de Brian, ainsi que d’autres citoyens qui s’étaient intéressés à l’affaire, ont acheté des cuissardes et passé une grande partie de leur temps libre sur les rives de la rivière Olentangy, qui traverse Columbus à proximité du campus universitaire, à chercher en vain le corps près des ponts. Cette possibilité a également conduit la police à envisager brièvement la théorie très discutée du meurtre par le tueur en série connu sous le nom de Smiley Face. Brian Shaffer, selon cette théorie, serait la seule victime du tueur dont le corps n’a pas encore été retrouvé. La police de Columbus a finalement rejeté tout lien avec le tueur présumé dans l’affaire de Brian, suivant l’exemple de la plupart des organismes d’application de la loi, y compris le FBI, qui ont enquêté sur lui.
En septembre 2008, lors d’une violente tempête de vent dans le centre de l’Ohio, Randy Shaffer, qui se trouvait dans la cour de sa maison de Baltimore, a été tué par une branche qui s’est détachée sous la force du vent et l’a mortellement frappé. Des voisins ont trouvé son corps le lendemain matin et ont appelé la police.
Après la mise en ligne de sa nécrologie, une rubrique de condoléances a été publiée. L’une des signatures figurant sur le document indique « À papa, avec amour, Brian », et provient des îles Vierges américaines. Cela suggère que Brian a peut-être quitté Columbus pour une nouvelle vie ailleurs. Cependant, après une enquête plus approfondie, il s’est avéré que la note avait été postée depuis un ordinateur accessible au public dans le comté de Franklin et qu’il s’agissait d’une simple blague.