Mnoho potravin, které jsou dnes v obchodech s potravinami běžné, se poprvé dostalo na trh koncem 19. a začátkem 20. století. Snahy prvních průkopníků zdravé výživy, jako byli Paul Bragg, Sylvester Graham, John Harvey Kellogg, George Ohsawa, Ellen Whiteová a další, podnítily zájem o zdravé potraviny. Již ve 20. a 30. letech 20. století se ve Spojených státech a ve Velké Británii začaly otevírat obchody se zdravou výživou, v nichž se prodávaly výrobky jako černá melasa a pivovarské kvasnice.
Jeden z prvních obchodů se zdravou výživou založil Thomas Martindale v roce 1869 jako „Thomas Martindale Company“ v Oil City v Pensylvánii. V roce 1875 Thomas Martindale přestěhoval obchod do Filadelfie. Je znám jako nejstarší obchod se zdravou výživou ve Spojených státech a je stále v nezávislém vlastnictví. Rodina Martindaleových nakonec v roce 1920 přestěhovala obchod na ulici 10th and Filbert St. a byla silně ovlivněna novým zájmem o zdraví a wellness ve 30. letech 20. století. Obchod vyráběl vlastní kávovou náhražku ze sušených fíků zvanou „Figco“. V jídelně se prodávaly zdravé potraviny a veškeré pečivo se sladilo medem nebo javorovým sirupem. Nakonec se obchod vyvinul do podoby známé jako Martindale’s Natural Market, která existuje dodnes.
V roce 1896 byla v anglickém Birminghamu postavena nová budova pro vegetariánskou restauraci Jamese Henryho Cooka, jednu z prvních v Anglii. V roce 1898 byl na stejném místě otevřen „Pitmanův vegetariánský hotel“, pojmenovaný po slavném vegetariánovi siru Isaacu Pitmanovi, a majitelé následně otevřeli dlouholetý obchod se zdravou výživou.
Frank A. Sawall, který dříve spolupracoval s Johnem Harveyem Kelloggem, začal podomně prodávat práškové minerální nápoje a přednášet po Spojených státech o prospěšnosti vitaminových a minerálních doplňků, než otevřel společnost Sawall Health Food Products, Inc, v roce 1936 nejstarší rodinný obchod s přírodními potravinami ve Spojených státech, který existuje dodnes. Začal s prodejem minerálů a vitamínů v prášku a prodával také přírodní a organické potraviny. Frank A. Sawall, biochemik, byl v novinách po celých Spojených státech popisován jako „vynikající americký učitel zdraví a celostátně známý odborník na výživu“. Hojně přednášel na Středozápadě a na východním pobřeží. Frank A. Sawall, rozšířil své obchody v Michiganu, včetně Detroitu, Kalamazoo, Bay City, Grand Rapids a Lansingu. Vytvořil první řetězec obchodů se zdravou výživou ve Spojených státech. Společnost Sawall Health Foods vede již pátá generace Sawallů. Společnost Sawall’s je nejstarším rodinným obchodem s přírodními potravinami ve Spojených státech.
Proxmireův vitaminový zákon z roku 1976, který zabránil úřadu FDA definovat potravinové doplňky jako „léky“, byl v té době oslavován jako velký úspěch v oblasti zdravé výživy. Senátor William Proxmire byl ženatý s Ellen Hodges Sawallovou.
Obchod v New Westminsteru, který provozovala společnost Health Food Research, byl otevřen v roce 1954 na předměstí Vancouveru v Britské Kolumbii. Založila jej Ella Birznecková a jeho vzorem byly částečně ruské „obchody pro lékaře“, v nichž se prodávaly léky, byliny a speciální potraviny. Jeden z prvních nezávislých obchodů se zdravou výživou ve Velké Británii otevřela v roce 1966 společnost Aetherius na adrese Fulham Road 767 v Londýně. Jeho zásoby zahrnovaly med, ořechy a semena a ovocné šťávy a jablečný ocet.
Obchody se zdravou výživou se v 60. letech 20. století staly mnohem běžnějšími v souvislosti s nově vznikajícím ekologickým hnutím a kontrakulturou.
Mnoho obchodů se zdravou výživou je ve vlastnictví dělnických družstev a spotřebních družstev, což bylo částečně způsobeno schopností družstevní kupní síly přinést spotřebiteli nižší náklady a nárůstem jejich popularity během kontrakulturního hnutí v 60. a 70. letech 20. století.
V posledním desetiletí se zdravé potraviny, a zejména biopotraviny, dostaly do hlavního proudu. Společnosti, jako je Whole Foods Market, velká nadnárodní korporace, během této expanze značně profitovaly a výrazně rostly.