L’épiderme d’un embryon, d’un jeune, ou d’un Crocodilia à moitié adulte contient le rete Malpighii : une seule couche de cellules courtes et cylindriques. Au-dessus du rete se trouvent des cellules un peu aplaties, en forme de disque, formées par la division transversale des cellules du rete sous-jacent. A l’extérieur se trouve la couche épitrichiale, une mosaïque de cellules polygonales, chacune avec un noyau ovale près de son milieu. Entre les cellules épitrichiales se trouvent de petits trous ovales, qui ne sont pas sans rappeler les stomates de l’épiderme des tissus végétaux. Bronn pense qu’il ne s’agit pas d’artefacts, mais il ne propose pas d’explication à leur apparition.
Sur le rete Malpighii court et cylindrique, les cellules sont aplaties et deviennent progressivement très plates et perdent leurs noyaux en passant dans la couche cornée.
La couche cornée est constituée de cellules fortement aplaties dans lesquelles les noyaux ne sont plus clairement visibles, bien que leur emplacement puisse généralement être déterminé par les groupes de granules pigmentaires. Sur les cellules des couches les plus superficielles de la couche cornée se trouvent des lignes droites et sombres, peut-être des crêtes causées par la pression des cellules polygonales sus- ou sous-jacentes. Les cellules individuelles de la couche cornée sont généralement faciles à isoler dans les régions du ventre et du cou où elles ne deviennent jamais très épaisses ; mais dans le dos, les cellules de cette couche sont très nombreuses et fusionnent entre elles pour former les plaques osseuses ; ici, le rete est la seule couche clairement différenciée. Si les cellules piquantes sont présentes dans l’épiderme du crocodile Bronn n’est pas certain, bien qu’il pense qu’elles le sont probablement.
Rathke a fait remarquer que sur la surface de certains plis du tégument, surtout dans la région des mâchoires, on trouve chez tous les Crocodilia certaines petites élévations éparses, semblables à des verrues, autour de chacune desquelles se trouve habituellement un sillon circulaire étroit et peu profond ; elles ont généralement une couleur brun foncé, mais quelquefois une couleur grise ou même blanche. L’examen microscopique montre que ces verrues sont d’origine épidermique, constituées de cellules brillantes, rondes et étroitement unies, sans substance intercellulaire visible. Un traitement à l’hydroxyde de potassium puis à l’eau permet de mettre en évidence parfois, mais pas toujours, de fins noyaux granuleux dans les cellules. Chez probablement tous les membres du genre Crocodilus, on trouve au moins, sur les épines dorsales à droite et à gauche du cou et du tronc, une petite fosse plate qui a l’apparence de l’ouverture d’une glande tégumentaire. Les piqûres sont également présentes dans les écailles de la gorge, sous le côté du cou, les côtés du corps, les surfaces latérales et ventrales de la moitié antérieure de la queue, et les pattes. Elles se trouvent près du bord postérieur des écailles. Ce n’est qu’occasionnellement que l’on trouve deux piqûres dans une même écaille. Ces piqûres sont présentes chez les gavials mais sont absentes chez certains alligators, probablement tous. Un petit bouton dépasse du centre de certaines de ces cavités. Ces fosses ne sont pas des ouvertures de glandes mais ont à peu près la même structure que les fosses observées dans la tête.
Les os tégumentaires des Crocodilia prennent naissance dans le tissu conjonctif de la cutis. Des investigations chez les jeunes animaux montrent que ces os prennent généralement leur origine dans les couches inférieures et moyennes de la cutis et travaillent généralement vers la périphérie.