Den exakta orsaken till medfödd amputation är okänd och kan ha flera olika orsaker. De flesta fall visar dock att det är under de tre första månaderna i en graviditet som de flesta fosterskador uppstår eftersom det är då fostrets organ börjar bildas. En vanlig orsak är fosterbandssyndromet, som uppstår när fostrets inre membran (amnion) brister utan att det yttre membranet (chorion) skadas. Fiberband från det brustna fosterhinnan flyter i fostervattnet och kan trassla in sig i fostret, vilket minskar blodtillförseln till de framväxande lemmarna i sådan utsträckning att lemmarna kan strypas; vävnaderna dör och absorberas i fostervattnet. Ett barn med medfödd amputation kan sakna en del av en lem eller hela lemmen, vilket resulterar i fullständig avsaknad av en lem bortom en viss punkt där endast en stump finns kvar kallas tvärbrist eller amelia. När en specifik del saknas kallas det longitudinell brist. Slutligen uppstår phocomelia när endast en del av en lem i mitten saknas; till exempel när händerna eller fötterna är direkt fästade vid kroppens stam.Amnionrupturer kan orsakas av:
- teratogena läkemedel (t.ex. thalidomid, som orsakar fykomi), eller miljökemikalier
- joniserande strålning (atomvapen, radiojod, strålbehandling)
- infektioner
- metabolisk obalans
- trauma
Kongenital amputation är den minst vanligaste orsaken till amputation, men det en studie som publicerades i BMC Musculoskeletal Disorders fann att 21.1 av 10 000 barn föddes med en saknad eller missbildad lem mellan 1981 och 2010 i Nederländerna, och CDC uppskattar att 4 av 10 000 barn föds i USA med förminskningar av övre lemmar och 2 av 10 000 med förminskningar av nedre lemmar. Under vissa perioder i historien har en ökning av medfödda amputationer dokumenterats. Ett exempel är thalidomidtragedin som inträffade på 1960-talet då gravida mödrar fick ett lugnande medel som innehöll det skadliga läkemedlet, vilket gav en ökning av barn som föddes utan lemmar.