Många livsmedel som i dag är vanliga i livsmedelsbutiker kom först in på marknaden i slutet av 1800-talet och början av 1900-talet. Insatser av tidiga hälsopionjärer som Paul Bragg, Sylvester Graham, John Harvey Kellogg, George Ohsawa, Ellen White och andra väckte ett intresse för hälsokost. Redan på 1920- och 1930-talen började hälsokostbutiker att öppnas i USA och Storbritannien där man sålde produkter som blackstrap melass och öljäst.
En tidig hälsokostbutik grundades av Thomas Martindale 1869 som ”Thomas Martindale Company” i Oil City, Pennsylvania. År 1875 flyttade Thomas Martindale butiken till Philadelphia. Den är känd som den äldsta hälsokostbutiken i USA och ägs fortfarande självständigt. Familjen Martindale flyttade så småningom butiken till 10th and Filbert St. 1920 och påverkades starkt av det nya intresset för hälsa och välbefinnande på 1930-talet. Butiken tillverkade sin egen kaffeersättning av torkade fikon som kallades ”Figco”. Hälsosamma livsmedel såldes i lunchrummet och alla bakverk söta med honung eller lönnsirap. Så småningom utvecklades butiken till det som är känt som Martindale’s Natural Market, som fortfarande existerar idag.
År 1896 byggdes en ny byggnad i Birmingham i England för att inrymma James Henry Cooks vegetariska restaurang, en av de första i England. År 1898 öppnade ”The Pitman Vegetarian Hotel”, uppkallat efter den berömde vegetarianen Sir Isaac Pitman, på samma plats, och ägarna öppnade senare en hälsokostbutik som funnits länge.
Frank A. Sawall, som tidigare arbetat med John Harvey Kellogg, började sälja pulverformiga mineraldrycker från dörr till dörr och föreläste runt om i USA om fördelarna med vitamin- och mineraltillskott, innan han öppnade Sawall Health Food Products, Inc, 1936, USA:s äldsta familjeägda naturkostbutik som fortfarande existerar. Företaget började med pulverformade mineraler och vitaminer och sålde även naturliga och ekologiska livsmedel. Frank A. Sawall, en biokemist, beskrevs som ”Amerikas framstående hälsolärare och nationellt kända näringsexpert” i tidningar över hela USA. Han höll många föreläsningar i Mellanvästern och på östkusten. Frank A. Sawall utökade sina butiker i Michigan, bland annat i Detroit, Kalamazoo, Bay City, Grand Rapids och Lansing. Skapade den första kedjan av hälsokostbutiker i USA. Sawall Health Foods drivs nu av Sawalls i femte generationen. Sawall’s är den äldsta familjeägda naturkostbutiken i USA.
Proxmire Vitamin Bill från 1976, som hindrade FDA från att definiera kosttillskott som ”läkemedel”, hyllades som en stor bedrift inom hälsokostbranschen på den tiden. Senator William Proxmire var gift med Ellen Hodges Sawall.
New Westminster-butiken som drivs av Health Food Research öppnade 1954 i utkanten av Vancouver, British Columbia. Den grundades av Ella Birzneck och var delvis utformad efter ryska ”läkarbutiker”, som saluförde mediciner, örter och speciallivsmedel. En av de första oberoende hälsokostbutikerna i Storbritannien öppnades 1966 av Aetherius Society på 767 Fulham Road i London. Dess lager innehöll honung, nötter och frön samt fruktjuicer och äppelvinäger.
Hälsokostbutiker blev mycket vanligare på 1960-talet i samband med den nyligen framväxande ekologirörelsen och motkulturen.
Många hälsokostbutiker är arbetarägda kooperativ och konsumentkooperativ, delvis på grund av den kooperativa köpkraftens förmåga att ge lägre kostnader för konsumenten och deras ökade popularitet under 1960- och 1970-talens motkulturrörelse.
Under det senaste decenniet har hälsokost, och i synnerhet ekologisk mat, kommit in i det vanliga samhället. Företag som Whole Foods Market, ett stort multinationellt företag, har gjort stora vinster och vuxit kraftigt under denna expansion.