Cauza exactă a amputației congenitale este necunoscută și poate rezulta dintr-o serie de cauze. Cu toate acestea, cele mai multe cazuri arată că primele trei luni de sarcină sunt cele în care apar cele mai multe malformații congenitale, deoarece atunci încep să se formeze organele fătului. O cauză frecventă este sindromul benzii amniotice, care apare atunci când membrana interioară a fătului (amnios) se rupe fără ca membrana exterioară (corion) să fie lezată. Benzile fibroase de la amnionul rupt plutesc în lichidul amniotic și se pot încurca cu fătul, reducând astfel alimentarea cu sânge a membrelor în curs de dezvoltare într-o asemenea măsură încât membrele pot fi strangulate; țesuturile mor și sunt absorbite în lichidul amniotic. Un bebeluș cu amputație congenitală poate fi lipsit de o porțiune a unui membru sau de întregul membru, ceea ce duce la absența completă a unui membru dincolo de un anumit punct, unde rămâne doar un ciot, este cunoscut sub numele de deficiență transversală sau amelia. Atunci când lipsește o anumită parte, aceasta se numește deficiență longitudinală. În cele din urmă, focomelia apare atunci când lipsește doar o porțiune mediană a unui membru; de exemplu, atunci când mâinile sau picioarele sunt atașate direct de trunchiul corpului.rupturile de amnios pot fi cauzate de:
- medicamente teratogene (de ex. talidomida, care provoacă focomelia), sau substanțe chimice de mediu
- radiații ionizante (arme atomice, iod radioactiv, radioterapie)
- infecții
- dezechilibru metabolic
- traumatisme
Amputația congenitală este cel mai puțin frecvent motiv de amputație, însă un studiu publicat în BMC Musculoskeletal Disorders a constatat că 21.1 din 10.000 de copii s-au născut cu un membru lipsă sau deformat între 1981 și 2010 în Țările de Jos, iar CDC estimează că 4 din 10.000 de copii se nasc în Statele Unite cu reduceri ale membrelor superioare și 2 din 10.000 cu reduceri ale membrelor inferioare. În anumite perioade din istorie, a fost documentată o creștere a amputațiilor congenitale. Un exemplu include tragedia talidomidei care a avut loc în anii 1960, când mamelor însărcinate li s-a administrat un tranchilizant care conținea acest medicament nociv, ceea ce a produs o creștere a numărului de copii născuți fără membre.
.