Muitos alimentos que agora são comuns em mercearias entraram pela primeira vez no mercado no final do século XIX e início do século XX. Os esforços dos primeiros pioneiros da saúde como Paul Bragg, Sylvester Graham, John Harvey Kellogg, George Ohsawa, Ellen White e outros despertaram o interesse por alimentos saudáveis. Já nos anos 20 e 30 as lojas de alimentos saudáveis começaram a abrir nos Estados Unidos e no Reino Unido, vendendo produtos como melaço e levedura de cerveja.
Uma loja de alimentos saudáveis foi fundada por Thomas Martindale em 1869 como “Thomas Martindale Company” em Oil City, Pennsylvania. Em 1875, Thomas Martindale mudou a loja para a Filadélfia. É conhecida como a loja de alimentos saudáveis mais antiga dos Estados Unidos e ainda é de propriedade independente. A família Martindale acabou por mudar a loja para a 10th e Filbert St. em 1920 e foi fortemente influenciada pelo novo interesse pela saúde e bem-estar na década de 1930. A loja fabricava seu próprio substituto de café feito de figos secos chamado “Figco”. Os alimentos saudáveis eram vendidos no refeitório, com todos os produtos cozidos adoçados com mel ou xarope de ácer. Eventualmente a loja evoluiu para o que é conhecido como Martindale’s Natural Market, que ainda hoje existe.
Em 1896 um novo edifício foi construído em Birmingham, Inglaterra, para abrigar o restaurante vegetariano de James Henry Cook, um dos primeiros na Inglaterra. Em 1898, ‘The Pitman Vegetarian Hotel’, nomeado em homenagem ao famoso vegetariano Sir Isaac Pitman, abriu no mesmo local, e os proprietários subsequentemente abriram uma loja de alimentos saudáveis de longa data.
Frank A. Sawall, que anteriormente trabalhou com John Harvey Kellogg, começou a vender bebidas minerais em pó porta a porta e a dar palestras nos Estados Unidos sobre os benefícios das vitaminas e suplementos minerais, antes de abrir a Sawall Health Food Products, Inc., em 1936, a mais antiga loja familiar de alimentos naturais dos Estados Unidos ainda hoje existente. Ela começou com minerais em pó e vitaminas e também vendia alimentos naturais e orgânicos. Frank A. Sawall, bioquímico, foi descrito como “America’s Outstanding Health Teacher and Nationally known Nutritionist” em jornais de todos os Estados Unidos. Ele deu palestras extensivas em todo o Centro-Oeste e na Costa Leste. Frank A. Sawall, expandiu suas lojas em Michigan, incluindo Detroit, Kalamazoo, Bay City, Grand Rapids e Lansing. Criando a primeira cadeia de lojas de alimentos saudáveis nos Estados Unidos. A Sawall Health Foods está agora na sua quinta geração de Sawall a gerir o negócio. A Sawall’s é o mais antigo mercado familiar de alimentos naturais nos Estados Unidos.
A Lei de Vitamina Proxmire de 1976 que impediu a FDA de definir suplementos alimentares como “drogas” foi saudada como uma grande conquista na indústria de alimentos saudáveis na época. O Senador William Proxmire era casado com Ellen Hodges Sawall.
A nova loja de Westminster operada pela Health Food Research, aberta em 1954 nos arredores de Vancouver, Columbia Britânica. Foi fundada por Ella Birzneck, e modelada em parte pelas “lojas de médicos” russas, que transportavam medicamentos, ervas e alimentos especiais. Uma das primeiras lojas independentes de alimentos saudáveis na Grã-Bretanha foi aberta pela Sociedade Aetherius em 767 Fulham Road, Londres, em 1966. Seu estoque incluía mel, nozes e sementes e sucos de frutas e vinagre de cidra.
As lojas de alimentos saudáveis tornaram-se muito mais comuns nos anos 60 em conexão com o movimento ecologista e contracultura recentemente emergente.
Muitas lojas de alimentos saudáveis são cooperativas de trabalhadores e cooperativas de consumidores devido, em parte, à capacidade do poder de compra cooperativo de trazer custos mais baixos para o consumidor e seu crescimento de popularidade durante o movimento de contracultura dos anos 60 e 70.
Na última década, os alimentos saudáveis, e especialmente os orgânicos, entraram na corrente dominante. Empresas como a Whole Foods Market, uma grande corporação multinacional, lucraram muito e cresceram substancialmente durante esta expansão.