A causa exacta da amputação congénita é desconhecida e pode resultar de uma série de causas. No entanto, a maioria dos casos mostra que os primeiros três meses de uma gravidez são quando a maioria dos defeitos de nascença ocorre, porque é quando os órgãos do feto começam a se formar. Uma causa comum é a síndrome da banda amniótica, que ocorre quando a membrana fetal interna (âmnio) se rompe sem lesão da membrana externa (córion). As bandas fibrosas do âmnio rompido flutuam no líquido amniótico e podem ficar enredadas com o feto, reduzindo assim o fornecimento de sangue aos membros em desenvolvimento de tal forma que os membros podem ficar estrangulados; os tecidos morrem e são absorvidos pelo líquido amniótico. Um bebê com amputação congênita pode faltar uma porção de um membro ou o membro inteiro, o que resulta na ausência completa de um membro além de um certo ponto onde apenas um coto é deixado, é conhecido como deficiência transversal ou amelia. Quando falta uma parte específica, ela é chamada de deficiência longitudinal. Finalmente, a focomelia ocorre quando falta apenas uma porção média de um membro; por exemplo, quando as mãos ou os pés estão directamente ligados ao tronco do corpo. As rupturas de amniões podem ser causadas por:
- drogas teratogénicas (por exemplo talidomida, que causa focomelia), ou químicos ambientais
- radiação ionizante (armas atômicas, radioiodina, radioterapia)
- infecções
- desequilíbrio metabólico
- trauma
Amputação congênita é a razão menos comum para a amputação, mas um estudo publicado no BMC Musculoskeletal Disorders descobriu que 21.1 em cada 10.000 bebês nasceram com um membro faltando ou deformado entre 1981 e 2010 na Holanda, e o CDC estima que 4 em cada 10.000 bebês nascem nos Estados Unidos com reduções nos membros superiores e 2 em cada 10.000 com reduções nos membros inferiores. Durante certos períodos da história, um aumento nas amputações congênitas foi documentado. Um exemplo inclui a tragédia da talidomida que ocorreu nos anos 60 quando mães grávidas receberam um tranquilizante que continha a droga nociva, que produziu um aumento em crianças nascidas sem membros.