Policja rozpoczęła poszukiwania Briana w Ugly Tuna, barze, w którym ostatnio był widziany. Ponieważ obszar wokół South Campus Gateway był nieco zaniedbany, z wysokim wskaźnikiem przestępczości, bar zainstalował kamery bezpieczeństwa. Przejrzeli nagranie, na którym widać Braina, Florence i Reeda wchodzących ruchomymi schodami do głównego wejścia do baru o 1:15 w nocy. Brian był widziany na zewnątrz baru około 1:55, czterdzieści minut po wejściu, jak rozmawiał krótko z dwiema młodymi kobietami i żegnał się. Zniknął z wizjera kamery i ruszył w stronę schodów prowadzących do baru, najwyraźniej po to, by wrócić do środka. Ale kamera nie zarejestrowała jego wyjścia wkrótce potem, gdy bar został zamknięty.
Śledczy zdali sobie sprawę, że było możliwe, że mógł się przebrać w barze lub założyć czapkę i, z głową w dół, obejść kamerę i ukryć twarz. Śledczy przypuszczali, że mógł wyjść innymi drzwiami lokalu. Drzwi te były jednak przeznaczone wyłącznie do użytku służbowego, a nie do użytku publicznego, z wyjątkiem sytuacji awaryjnych. Obszar, do którego wyjście prowadziło następnie na plac budowy, który zdaniem funkcjonariuszy był trudny do przejścia w normalnym stanie, nie mówiąc już o stanie pijanym po wyjściu z nocnego pijaństwa.
Ponieważ Columbus ma najwięcej kamer bezpieczeństwa ze wszystkich miast w Ohio, więcej niż Cleveland, Cincinnati i Toledo razem wzięte, funkcjonariusze sprawdzili nagrania z innych barów, aby sprawdzić, czy te kamery mogłyby wyjaśnić, w jaki sposób Brian opuścił bar, w którym pił. Jednak obrazy z kamer w trzech innych pobliskich barach nie wykazały śladu Briana.
Poszukiwania zaczęły się rozprzestrzeniać od Ugly Tuna, z oficerami, czasami w towarzystwie psów policyjnych, patrząc uważnie na ulicy, sprawdzając kosze i pytając mieszkańców, czy widzieli go. W całym mieście pojawiły się plakaty i kartki z wizerunkiem Briana, jako znak tożsamości podając tatuaż na jego prawym górnym ramieniu z ikoną singla Alive zespołu Pearl Jam, którego był fanem. Policja przekonała nawet miasto, aby pozwoliło im wejść do kanalizacji i tam dokonać przeszukania. Nie znaleziono żadnych użytecznych informacji. W mieszkaniu Briana na King Avenue, jego samochód był nadal zaparkowany na zewnątrz. A wewnątrz mieszkania, nic nie wydawało się być w porządku.
Po przeszukaniu mil od baru we wszystkich kierunkach, policja zaczęła rozważać możliwości inne niż wypadek lub gra faul. Ponieważ jego matka niedawno zmarła, spekulowano, że wyjechał na jakiś czas, by w samotności opłakiwać zmarłą. Jej zniknięcie okazało się jednak trwałe. Nie pojawiły się żadne oczywiste powody jego dobrowolnego zniknięcia.
Tych, którzy widzieli Briana tamtej nocy, w tym jego ojca, poproszono o wykonanie testów na wykrywanie kłamstw. Reed i Randy Shaffer przeszedł ich, jak wszyscy inni, podczas gdy Florence odmówił. Dwie kobiety, z którymi Brian rozmawiał po raz ostatni, zostały później zidentyfikowane. W 2009 roku zeznali, że nie poproszono ich o poddanie się badaniu poligraficznemu.
Waggoner dzwonił na telefon Briana każdego wieczoru przed snem długo po zaginięciu. Zwykle zostawiał wiadomości na poczcie głosowej, ale pewnej wrześniowej nocy zadzwoniła trzy razy. „Dzwoniłem do niego, żeby go posłuchać, bo to był jeden z najlepszych dźwięków, jakie kiedykolwiek słyszałem, nawet jeśli nikt nie odbierał” – napisał na swojej stronie MySpace. Cingular, dostawca usług bezprzewodowych Briana, powiedział, że to, co usłyszał Waggoner, mogło być spowodowane usterką komputera. Ping z telefonu został wykryty na wieży komórkowej w Hilliard, 23 km na północny zachód od Columbus.
Policja otrzymała wiele wskazówek, z których żaden nie spowodował większych przełomów w sprawie. Na koncercie Pearl Jam, który odbył się później tego samego roku w Cincinnati, wokalista Eddie Vedder wziął czas pomiędzy piosenkami, aby poprosić o wskazówki dotyczące zniknięcia Briana, ale żadna z nich nie była pomocna. Możliwe obserwacje w Michigan, Teksasie, a nawet Szwecji zostały zbadane.
Randy Shaffer kontynuował poszukiwania swojego syna na własną rękę. Wróżka, z którą się konsultowała, powiedziała jej, że ciało Briana znajduje się w wodzie w pobliżu mola mostu. On i brat Briana, Derek, wraz z innymi mieszkańcami, którzy zainteresowali się sprawą, kupili wodery i spędzali większość wolnego czasu nad brzegiem rzeki Olentangy, która przepływa przez Columbus w sąsiedztwie kampusu uniwersyteckiego, na próżno szukając ciała w pobliżu mostów. Ta możliwość doprowadziła również policję do krótkiego rozważenia szeroko dyskutowanej teorii morderstwa przez seryjnego mordercę znanego jako Smiley Face. Brian Shaffer, zgodnie z tą teorią, miałby być jedyną ofiarą mordercy, której ciała jeszcze nie odnaleziono. Policja w Columbus ostatecznie odrzuciła wszelkie powiązania z domniemanym zabójcą w sprawie Briana, podążając tropem większości organów ścigania, w tym FBI, które go badały.
We wrześniu 2008 r., podczas silnej wichury w centralnym Ohio, Randy Shaffer, który był na podwórku swojego domu w Baltimore, został zabity przez gałąź, która odłamała się w sile wiatru i śmiertelnie go uderzyła. Sąsiedzi znaleźli jego ciało następnego ranka i wezwali policję.
Po tym, jak jego nekrolog został umieszczony w sieci, opublikowano sekcję kondolencyjną. Jeden z podpisów na nim brzmiał „To Dad, with love, Brian” i pochodził z Wysp Dziewiczych Stanów Zjednoczonych. To sugerowało, że Brian mógł opuścić Columbus, by rozpocząć nowe życie gdzie indziej. Jednak po dalszym dochodzeniu okazało się, że notatka została wysłana z publicznie dostępnego komputera w hrabstwie Franklin i że był to tylko żart.
.