NCBI testuje nowy sposób znajdowania i wyszukiwania ortologicznych genów kręgowców. Aby znaleźć ortologów, wpisz symbol genu (np. RAG1) lub symbol genu połączony z grupą taksonomiczną (np. RAG1 naczelnych). Wybierz pasujący wpis z menu sugestii lub możesz wybrać opcję ortologów (np. ortologów Rag1), aby zobaczyć wszystkich ortologów. Twoje wyszukiwanie zwróci link z wynikami do zbioru ortologów dostarczonego przez zasób Gene NCBI. Kliknij łącze wyników, aby zobaczyć informacje dla tej grupy ortologów (Rysunek 1).
Rysunek 1. Search for Rag1 orthologs showing the link to the set of RAG1 genes from vertebrates.
Na stronie ortologów (Rysunek 2) można wybrać sekwencje transkryptów lub białek do pobrania lub wyrównania, użyć drzewa taksonomii w celu doprecyzowania wyników i przejść do poziomu gatunku. Znajdziesz tu bardziej szczegółowe informacje o genach z linkami do BLAST i GDV, przeglądarki genomów NCBI. Uzyskasz również szybki dostęp do literatury z PubMed na podstawie Twojego wyboru.
Rysunek 2. Zestaw ortologów RAG1 dla kręgowców szczękowych z odnośnikami do Gene, Reference Sequences, pobierania sekwencji i wyrównania. Zakładka Literatura dostarcza odpowiednich cytatów z PubMed dla wybranych ortologów. Drzewo taksonomiczne pozwala na szybkie znalezienie szczegółowych wyników dla poszczególnych gatunków, takich jak małpa Rhesus.
Jeśli szukasz zestawu genów ortologicznych, wypróbuj to i daj nam znać, co myślisz. Bądź na bieżąco z aktualizacjami!