Podobnie jak Indie, Pakistan uzyskał niepodległość jako dominium w ramach Wspólnoty Narodów w sierpniu 1947 roku. Jednak przywódcy Ligi Muzułmańskiej odrzucili kandydaturę Lorda Mountbattena, ostatniego brytyjskiego wicekróla Indii, na pierwszego gubernatora generalnego Pakistanu, czyli głowę państwa – w przeciwieństwie do Kongresu, który uczynił go naczelnym wodzem Indii. W obawie przed machinacjami Wielkiej Brytanii i pragnąc nagrodzić Jinnaha – swojego „Wielkiego Przywódcę” (Quaid-e Azam), tytuł, który otrzymał przed uzyskaniem niepodległości – Pakistańczycy uczynili go swoim gubernatorem generalnym; jego porucznik w partii, Liaquat Ali Khan, został mianowany premierem. Pierwszy rząd Pakistanu miał jednak przed sobą trudne zadanie. W przeciwieństwie do wcześniejszej wizji Muhammada Iqbala kraj ten został utworzony z dwóch regionów, w których muzułmanie stanowili większość – północno-zachodniej części, którą popierał, oraz terytoriów i wschodniego regionu prowincji Bengal (która również została podzielona między Indie i Pakistan). Dwa skrzydła Pakistanu były więc oddzielone od siebie o około 1 000 mil (1 600 km) suwerennego terytorium Indii i nie było między nimi prostych dróg komunikacyjnych. Pracę nowego rządu pakistańskiego dodatkowo komplikowała świadomość, że bogactwo i zasoby Indii Brytyjskich zostały przyznane Indiom. Pakistanowi brakowało jedynie surowego entuzjazmu, by go podtrzymać, zwłaszcza w miesiącach następujących bezpośrednio po podziale. W rzeczywistości przetrwanie Pakistanu zdawało się wisieć na włosku. Ze wszystkich dobrze zorganizowanych prowincji Indii Brytyjskich tylko stosunkowo zacofane obszary Sind, Balochistan i Północno-Zachodnia Prowincja Pograniczna trafiły do Pakistanu w nienaruszonym stanie. Inaczej bardziej rozwinięte prowincje Pendżab i Bengal zostały podzielone, a w przypadku Bengalu Pakistan otrzymał niewiele więcej niż gęsto zaludnione wiejskie zaplecze.
Dodatkiem do dylematu nowego i niesprawdzonego rządu Pakistanu był kryzys w Kaszmirze, który sprowokował wojnę między dwoma sąsiadującymi państwami w okresie bezpośrednio po uzyskaniu niepodległości. Zarówno Pakistan, jak i Indie zamierzały uczynić Kaszmir częścią składową swoich unii, a dawne księstwo szybko stało się terytorium spornym – Indie i Pakistan kontrolowały jego część – i punktem zapalnym przyszłych konfliktów. Z ekonomicznego punktu widzenia sytuacja w Pakistanie była rozpaczliwa; materiały z indyjskich fabryk zostały odcięte od Pakistanu, zakłócając skromny przemysł, handel i rolnictwo nowego kraju. Co więcej, charakter rozbioru i jego następstwa spowodowały ucieczkę milionów uchodźców po obu stronach podziału, której towarzyszyły straszliwe masakry. Exodus tak ogromnej liczby zdesperowanych ludzi w każdym kierunku wymagał pilnej reakcji, na którą żaden z krajów nie był przygotowany, a już na pewno nie Pakistan.
W konsekwencji nierozwiązanej wojny w Kaszmirze i rozlewu krwi na ulicach obu krajów, Indie i Pakistan zaczęły postrzegać drugą stronę jako swojego śmiertelnego wroga. Pakistańczycy spodziewali się podziału indyjskich aktywów materialnych, finansowych i wojskowych. W rzeczywistości nie było żadnego. New Delhi nie miało zamiaru dzielić majątku Indii Brytyjskich ze swoim głównym przeciwnikiem, ustanawiając w ten sposób równowagę między dwoma krajami. Co więcej, lepsza pozycja geopolityczna Indii, a przede wszystkim kontrola nad ważnymi rzekami wpływającymi do Pakistanu oznaczały, że zasoby wodne muzułmańskiego kraju były zdane na łaskę jego większego, wrogiego sąsiada. Sytuacja Pakistanu po uzyskaniu niepodległości była tak niepewna, że wielu obserwatorów uważało, iż kraj ten z trudem przetrwa sześć miesięcy, a cel Indii, jakim było zjednoczenie subkontynentu, pozostawał realną możliwością.