Strefa komórek T (otoczka okołotętnicza) i pęcherzyki komórek B zawierają dyskretne populacje makrofagów; jednak niewiele wiadomo o tych populacjach makrofagów pod względem ich pochodzenia i długości życia. Makrofagi te nie są unikalne dla śledziony, ale stanowią integralną część limfoidalnych części wszystkich wtórnych narządów limfoidalnych.
W pęcherzykach komórek B makrofagi są ważne w oczyszczaniu apoptotycznych komórek B, które występują podczas reakcji ośrodka zarodkowego w procesie somatycznej hipermutacji i przełączania izotypów. Komórki B, które nie są w stanie wytworzyć odpowiednich receptorów, umierają w wyniku apoptozy i są następnie usuwane przez makrofagi w ośrodku zarodkowym. Podczas intensywnych reakcji w ośrodku zarodkowym proces ten jest oczywisty ze względu na obecność dużych makrofagów w ośrodku zarodkowym, zwanych makrofagami ciałka żółtego. (Ich nazwa pochodzi od skondensowanych jąder apoptotycznych). Aby komórki apoptotyczne mogły zostać pobrane przez makrofagi, ważne jest, aby na zewnętrznej powierzchni komórek apoptotycznych doszło do ekspresji fosfatydyloseryny, która jest rozpoznawana przez wiele receptorów. Makrofagi ciała namacalnego wyrażają: kinazę tyrozynową Mer, globulę tłuszczu mlecznego naskórkowy czynnik wzrostu 8 i Tim-4, wszystkie one wspomagają wchłanianie komórek apoptotycznych do makrofagów.
Makrofagi są również obecne w obszarze komórek T miazgi białej, ale ich rola jest mniej dobrze poznana. Tę populację makrofagów można znaleźć we wszystkich innych strefach komórek T wtórnych narządów limfoidalnych. Jest możliwe, że makrofagi te są potomkami patrolujących monocytów, które dostały się z krwi do miazgi białej. Ze względu na ich umiejscowienie obok komórek T sugeruje się, że makrofagi te pełnią rolę w prezentacji antygenów lub usuwaniu obumierających limfocytów.