Położony w Azji Południowo-Wschodniej, Malezja, o powierzchni 329.750 km2 (127.317 sq mi), składa się z dwóch obszarów niecontiguous: Malezja Półwyspowa (dawniej Malezja Zachodnia), na kontynencie azjatyckim, oraz stany Sarawak i Sabah, znane razem jako Malezja Wschodnia, na wyspie Borneo. Porównując, obszar zajmowany przez Malezję jest nieco większy niż stan Nowy Meksyk. Półwysep Malezja, wystający na południe z kontynentu azjatyckiego, obejmuje obszar 131 587 km2 (50 806 mi2), rozciągający się na długości 748 km (465 mi) SSE-NNW i 322 km (200 mi) ENE-WSW . Na północy graniczy z Tajlandią, na wschodzie z Morzem Południowochińskim, na południu z cieśniną Johore, a na zachodzie z cieśniną Malakka i Morzem Andamańskim. Całkowita długość granicy wynosi 2 068 km (1 285 mil). Sarawak, o powierzchni 124.449 km² (48.050 mil²), na północno-zachodnim wybrzeżu Borneo, rozciąga się na długości 679 km (422 mil) NNE-SSW i 254 km (158 mil) ESE-WNW . Graniczy z Brunei na N , Sabah na NE , Indonezją na E i S oraz Morzem Południowochińskim na W . Całkowita długość granicy Sarawaku wynosi 2 621 km (1 629 mil). Położony na północnym krańcu Borneo, Sabah ma powierzchnię 74.398 km2 (28.725 mi2), o długości 412 km (256 mi) E-W i szerokości 328 km (204 mi) N-S . Na północ znajduje się cieśnina Balabac, na północny wschód – Morze Sulu, na południowy wschód – Morze Celebes, na południe – Indonezja, na zachód – Sarawak, a na zachód – Morze Południowochińskie. Całkowita długość granicy wynosi 2 008 km (1 248 mil). Całkowita długość granicy Malezji wynosi 7,344 km (4,563 mi), z czego 4,675 km (2,905 mi) to linia brzegowa.
Malezja rości sobie prawo do kilku atoli grupy wysp Spratly na Morzu Południowochińskim. Roszczenie, w regionie, gdzie podejrzewa się, że ropa naftowa, jest kwestionowana przez Chiny, Filipiny, Tajwan i Wietnam. Stolica Malezji, Kuala Lumpur, znajduje się w zachodniej części Malezji Półwyspu Peninsular.