Masakra w Glen Coe
Rewolucja w Anglii dokonała się niemal bez rozlewu krwi, ale w Szkocji i Irlandii doszło do zbrojnego oporu. W Szkocji upadł on w 1689 r., ale kraj ten pozostał niespokojny przez cały okres panowania Wilhelma. W 1692 r. Alexander MacDonald z Glen Coe i kilku jego współplemieńców zostało zamordowanych z zimną krwią za opieszałość w składaniu przysięgi wierności Wilhelmowi. Wilhelm zarządził śledztwo, ale nie podjął żadnych dalszych działań, dopóki w 1695 r. szkocki parlament nie zażądał publicznego dochodzenia. Wykazał się wówczas karygodną pobłażliwością wobec sprawców, zwalniając jedynie z funkcji sekretarza sir Johna Dalrymple’a, którego ostatecznie obarczono odpowiedzialnością za masakrę. W Irlandii wojna formalnie wybuchła w 1689 r., gdy James wylądował tam z francuskim wsparciem. Jednak udana obrona Londonderry i Enniskillen oraz zwycięstwo Wilhelma w bitwie pod Boyne 1 lipca 1690 r. zapewniły mu ponowny podbój Irlandii i pozwoliły zwrócić uwagę na kontynent europejski. Tutaj, po serii mniejszych ataków na cesarstwo, Ludwik XIV najechał w 1688 r. Palatynat. W ciągu następnych 18 miesięcy rzadkie umiejętności dyplomatyczne Wilhelma sprawiły, że do sojuszu dołączyły Brandenburgia, Hanower, Saksonia, Bawaria, Sabaudia i Hiszpania, a także Anglia, która stała się jego filarem.
Od 1691 r. Wilhelm spędzał wiele czasu na kampaniach na kontynencie, odnosząc różne sukcesy, ale do 1696 r. wiele czynników sprawiło, że obie strony pragnęły pokoju i w 1697 r. podpisano traktaty w Rijswijk. Kluczowa dla europejskiej równowagi sił kwestia, kto zostanie następcą bezdzietnego króla Hiszpanii Karola II, pozostawała jednak nierozstrzygnięta i Wilhelm miał powody, by obawiać się, że pokój nie będzie niczym więcej niż rozejmem. Parlament angielski, przeciwnie, był przekonany, że będzie on trwały, nalegał na zmniejszenie liczebności armii i stanowczo odwrócił się od spraw zagranicznych. Wilhelm, mając nadzieję na uniknięcie nowej wojny, zawarł z Ludwikiem dwa traktaty o rozbiorze Hiszpanii (1698-99) – środki, które wplątały go w poważne tarcia z parlamentem. Ale kiedy król hiszpański zmarł 1 listopada 1700 r., Ludwik, ignorując swoje umowy, przyjął koronę Hiszpanii dla swojego wnuka i wkrótce pokazał, że nie zrezygnował ze swoich planów francuskiej agresji.
William, choć hamowany przez angielską apatię, zabrał się do odbudowy Wielkiego Przymierza i przygotowania obu krajów do nieuniknionego teraz konfliktu. We wrześniu 1701 r. zmarł wygnany Jakub II, a Ludwik XIV ogłosił swego syna królem Anglii, wbrew umowie zawartej w jednym z traktatów z Rijswijk, czym rozbudził w Anglikach zapał do wojny. Wilhelm nie dożył wypowiedzenia tej wojny. Od dłuższego czasu podupadał na zdrowiu i w marcu 1702 r. zmarł. Jego plany ugody europejskiej zostały w dużej mierze zrealizowane przez traktat utrechcki (1713). Jego ideałem, do którego dążył wytrwale przez 30 lat, był porządek międzynarodowy, w którym żadne z mocarstw nie byłoby w stanie tyranizować pozostałych.