De T-celzone (periarteriolaire schede) en B-celfollikels bevatten discrete macrofaagpopulaties; er is echter niet veel bekend over deze macrofaagpopulaties wat betreft hun oorsprong en levensduur. Deze macrofagen zijn niet uniek voor de milt, maar vormen een integraal onderdeel van de lymfoïde delen van alle secundaire lymfoïde organen.
In de B-celfollikels zijn de macrofagen belangrijk bij het opruimen van de apoptotische B-cellen die ontstaan tijdens de kiemcentrumreactie in het proces van somatische hypermutatie en isotype-switching. B-cellen die niet de juiste receptoren kunnen vormen, sterven af door apoptose en worden vervolgens opgeruimd door de macrofagen in het kiemcentrum. Tijdens intensieve kiemcentrumreacties is dit proces duidelijk zichtbaar door de aanwezigheid van de grote macrofagen in het kiemcentrum, de zogenaamde tingible body macrofagen. (Ze worden zo genoemd omdat hun “tingible bodies” gecondenseerde apoptotische kernen voorstellen). Opdat de apoptotische cellen door de macrofagen kunnen worden opgenomen, is het belangrijk dat op het buitenoppervlak van de apoptotische cellen fosfatidylserine tot expressie komt, dat door meerdere receptoren wordt herkend. De tastbare lichaamsmacrofagen brengen tot expressie: tyrosinekinase Mer, de melkvetbolletjes epidermale groeifactor 8 en Tim-4, die alle de opslorping van de apoptotische cellen in de macrofagen ondersteunen.
Macrofagen zijn ook aanwezig in het T-celgebied van de witte pulp, maar hun rol wordt minder goed begrepen. Deze populatie macrofagen kan worden aangetroffen in alle andere T celzones van de secundaire lymfoïde organen. Het is mogelijk dat deze macrofagen afstammelingen zijn van patrouillerende monocyten die vanuit het bloed de witte pulpa zijn binnengedrongen. Omdat ze naast T-cellen gepositioneerd zijn, wordt gesuggereerd dat deze macrofagen een rol spelen bij de presentatie van antigenen of de verwijdering van stervende lymfocyten.