De term morfologie in de biologie verwijst naar vorm, structuur en configuratie van een organisme. Dit omvat aspecten van de uiterlijke verschijning (vorm, structuur, kleur, patroon), alsmede de vorm en structuur van de inwendige delen zoals botten en organen. Dit in tegenstelling tot de fysiologie, die zich hoofdzakelijk met de functie bezighoudt.
Morfologie is een tak van de biowetenschap die zich bezighoudt met de studie van de grove structuur van een organisme of taxon en zijn samenstellende delen. Zij kan worden onderverdeeld in twee verschillende takken: anatomie is de studie van de structuur en de inwendige organen van een organisme. De studie van de uiterlijke verschijningsvorm van een organisme wordt eidonomie genoemd, maar hoewel zij reeds vroeg in de geschiedenis van de biologie overheerste, wordt zij thans weinig meer in het bijzonder bestudeerd omdat zij rijp is voor de gevolgen van convergente evolutie. Het levert dus minder nieuwe informatie over organismen op dan de anatomie, en daarom wordt het uiterlijk van levensvormen meestal bestudeerd als onderdeel van algemeen onderzoek in de morfologie, b.v. in het kader van fylogenetisch onderzoek.
Ook in gebruik is de term “grove morfologie”, die betrekking heeft op de prominente of voornaamste aspecten van de morfologie van een organisme of taxon. Een beschrijving van de grove morfologie van een organisme omvat bijvoorbeeld de algemene vorm, de algemene kleur, de belangrijkste markeringen enz. van het organisme, maar geen fijnere details.
De meeste taxa verschillen morfologisch van andere taxa. Doorgaans verschillen nauw verwante taxa veel minder dan meer ver verwante, maar er zijn uitzonderingen. Cryptische soorten zijn soorten die sterk op elkaar lijken, of misschien zelfs uitwendig identiek zijn, maar voortplantingsgeïsoleerd zijn. Omgekeerd verkrijgen niet-verwante taxa soms een gelijkend uiterlijk door convergente evolutie of zelfs door mimicry. Een ander probleem bij het vertrouwen op morfologische gegevens is dat wat morfologisch gezien twee verschillende soorten lijken te zijn, in feite door DNA-analyse één enkele soort kan blijken te zijn.