Gelegen in Zuidoost-Azië, bestaat Maleisië, met een oppervlakte van 329.750 vierkante km (127.317 sq mi), uit twee niet aan elkaar grenzende gebieden: Het schiereiland Maleisië (voorheen West-Maleisië), op het Aziatische vasteland, en de staten Sarawak en Sabah, samen bekend als Oost-Maleisië, op het eiland Borneo. Verhoudingsgewijs is de oppervlakte van Maleisië iets groter dan de staat New Mexico. Het schiereiland Maleisië, dat in zuidelijke richting uitsteekt van het vasteland van Azië, heeft een oppervlakte van 131.587 km² en strekt zich uit over 748 km ZZO-NNW en 322 km ENE-WSW. Het grenst in het N aan Thailand, in het E aan de Zuid-Chinese Zee, in het Z aan de Straat van Johore, en in het W aan de Straat van Malakka en de Andamanse Zee, met een totale grenslengte van 2.068 km. Sarawak, met een oppervlakte van 124.449 km², aan de noordwestkust van Borneo, strekt zich uit over 679 km NNE-SSW en 254 km OSE-WNW. Het wordt begrensd door Brunei in het noorden, Sabah in het noorden, Indonesië in het oosten en zuiden, en de Zuid-Chinese Zee in het westen. De totale lengte van de grens van Sarawak is 2.621 km. Sabah, gelegen aan het noordelijke uiteinde van Borneo, heeft een oppervlakte van 74.398 km², met een lengte van 412 km (256 mijl) in oost-westelijke richting en een breedte van 328 km (204 mijl) in noord-zuidelijke richting. In het N ligt de Straat van Balabac, in het NE de Suluzee, in het ZO de Celebeszee, in het Z Indonesië, in het ZW Sarawak, en in het W de Zuid-Chinese Zee, met een totale grenslengte van 2.008 km. De totale grenslengte van Maleisië is 7.344 km, waarvan 4.675 km kustlijn is.
Maleisië claimt verschillende atollen van de Spratly-eilandengroep in de Zuid-Chinese Zee. De claim, in een gebied waar olie wordt vermoed, wordt betwist door China, de Filippijnen, Taiwan, en Vietnam. De hoofdstad van Maleisië, Kuala Lumpur, ligt in het westelijke deel van het schiereiland Maleisië.