De opperhuid van een embryo, jong of halfvolgroeid Krokodil bevat de rete Malpighii: een enkele laag van korte, cilindrische cellen. Over de rete liggen enigszins afgeplatte, schijfvormige cellen, gevormd door dwarsdeling van de onderliggende retecellen. Aan de buitenkant ligt de epitrichiale laag, een mozaïek van veelhoekige cellen, elk met een ovale kern in het midden. Tussen de epitrichiale cellen zitten kleine ovale gaatjes, die lijken op de huidmondjes in de epidermis van plantenweefsels. Bronn denkt dat dit geen artefacten zijn, maar hij geeft geen verklaring voor hun voorkomen.
Op de korte, cilindrische rete Malpighii liggen afgeplatte cellen die geleidelijk zeer plat worden en hun kernen verliezen naarmate ze overgaan in de hoornlaag.De hoornlaag bestaat uit sterk afgeplatte cellen waarin de kernen niet meer duidelijk te zien zijn, hoewel hun plaats meestal kan worden bepaald door de groepen pigmentkorrels. Op de cellen van de meer oppervlakkige lagen van het stratum corneum staan rechte, donkere lijnen, misschien ribbels veroorzaakt door druk van de boven- of onderliggende veelhoekige cellen. De afzonderlijke cellen van de hoornlaag zijn gewoonlijk gemakkelijk te isoleren in de buik- en halsstreek, waar zij nooit erg dik worden; maar in de rug zijn de cellen van deze laag zeer talrijk en versmelten met elkaar tot de benige platen; hier is de rete de enige duidelijk gedifferentieerde laag. Of stekelcellen aanwezig zijn in de opperhuid van de krokodil weet Bronn niet zeker, hoewel hij denkt dat ze dat waarschijnlijk wel zijn.
Rathke heeft erop gewezen dat op het oppervlak van bepaalde plooien van het integument, vooral in de buurt van de kaken, bij alle Krokodilachtigen bepaalde kleine, verspreide, wratachtige verhogingen worden aangetroffen, waaromheen zich gewoonlijk telkens een smalle, ondiepe, cirkelvormige groef bevindt; zij hebben gewoonlijk een donkerbruine, maar soms ook een grijze of zelfs witte kleur. Microscopisch onderzoek toont aan dat deze wratten van epidermale oorsprong zijn, bestaande uit heldere, ronde cellen die nauw met elkaar verbonden zijn, zonder zichtbare intercellulaire substantie. Behandeling met kaliumhydroxide en vervolgens met water zal soms, maar niet altijd, fijne korrelige kernen in de cellen aantonen. Bij waarschijnlijk alle leden van het geslacht Crocodilus wordt ten minste op de dikkedarm aan de rechter- en aan de linkerkant van de hals en de romp een kleine, platte put aangetroffen die het uiterlijk heeft van de opening van een integumentale klier. De putjes zijn ook aanwezig in de schubben van de keel, onder de zijkant van de nek, de zijkanten van het lichaam, de laterale en ventrale oppervlakken van de voorste helft van de staart, en de poten. Ze zitten dicht bij de achterrand van de schubben. Slechts af en toe worden twee putjes in één schub gevonden. Deze putjes worden aangetroffen in de gavialen, maar zijn afwezig bij sommige, waarschijnlijk alle, alligators. Uit het centrum van sommige putjes steekt een klein knopje. Deze putjes zijn geen openingen van klieren, maar hebben ongeveer dezelfde structuur als de putjes in de kop.
De integumentale beenderen bij de Crocodilia vinden hun oorsprong in het bindweefsel van de cutis. Uit onderzoek bij jonge dieren blijkt dat deze beenderen gewoonlijk hun oorsprong vinden in de onder- en middenlagen van de cutis en in het algemeen naar de periferie toe uitwerken.