Het bloedbad van Glen Coe
De revolutie in Engeland was vrijwel zonder bloedvergieten tot stand gekomen, maar in Schotland en Ierland was er gewapend verzet. In Schotland stortte dit in 1689 in, maar het land bleef gedurende Willems bewind onrustig en onrustig. In 1692 werden Alexander MacDonald van Glen Coe en enkele van zijn clansleden in koelen bloede vermoord omdat zij te laat de eed van trouw aan Willem hadden afgelegd. William liet een onderzoek instellen, maar ondernam verder geen actie totdat in 1695 het Schotse parlement een openbaar onderzoek eiste. Hij toonde zich toen schuldig aan clementie jegens de overtreders en ontsloeg slechts Sir John Dalrymple uit zijn functie als secretaris, aan wie de verantwoordelijkheid voor het bloedbad uiteindelijk werd toevertrouwd. In Ierland brak de oorlog formeel uit in 1689, toen James er landde met Franse steun. Maar de succesvolle verdediging van Londonderry en van Enniskillen, en Willems eigen overwinning in de Slag bij de Boyne op 1 juli 1690, verzekerden de herovering van Ierland en maakten hem vrij om zijn aandacht op het Europese continent te richten. Hier was Lodewijk XIV, na een reeks kleine aanvallen op het keizerrijk, in 1688 de Palts binnengevallen. De Nederlanders en de keizer sloten het Verdrag van Wenen (mei 1689) en verklaarden Lodewijk de oorlog; in de volgende 18 maanden bracht Willems zeldzame diplomatieke vaardigheid Brandenburg, Hannover, Saksen, Beieren, Savoye en Spanje, alsmede Engeland, dat de spil van het bondgenootschap werd, bij het bondgenootschap.
Vanaf 1691 besteedde Willem veel tijd aan veldtochten op het continent, met wisselend succes, maar in 1696 maakten een aantal factoren beide partijen nieuwsgierig naar vrede, en in 1697 werden de Verdragen van Rijswijk getekend. De voor het Europese machtsevenwicht cruciale vraag wie de kinderloze koning Karel II van Spanje zou opvolgen, bleef echter onopgelost, en Willem had goede redenen om te vrezen dat de vrede niet meer dan een wapenstilstand zou zijn. Het Engelse Parlement daarentegen was ervan overtuigd dat de vrede van blijvende aard zou zijn, drong erop aan het leger in te krimpen en keerde zich resoluut van buitenlandse zaken af. In de hoop een nieuwe oorlog af te wenden sloot Willem twee Spaanse verdelingsverdragen (1698-99) met Lodewijk – maatregelen die hem in ernstige wrijvingen met het Parlement brachten. Maar toen de Spaanse koning op 1 november 1700 stierf, aanvaardde Lodewijk, zijn afspraken negerend, de kroon van Spanje voor zijn kleinzoon en toonde spoedig dat hij zijn plannen voor Franse verrijking niet had opgegeven.
William, hoewel gehinderd door Engelse apathie, zette zich aan de wederopbouw van de Grote Alliantie en aan de voorbereiding van zijn twee landen op het nu onvermijdelijke conflict. In september 1701 stierf de verbannen Jacobus II, en Lodewijk XIV riep zijn zoon uit tot koning van Engeland, tegen de afspraak in een van de verdragen van Rijswijk, en wekte daarmee de Engelsen op tot oorlogszucht. Willem heeft het niet meer meegemaakt dat deze oorlog werd verklaard. Zijn gezondheid ging al lang achteruit, en in maart 1702 stierf hij. Zijn plannen voor een Europese regeling werden grotendeels uitgevoerd door de Vrede van Utrecht (1713). Zijn ideaal, dat hij 30 jaar lang hardnekkig had nagestreefd, was een internationale orde waarin geen enkele mogendheid de rest kon tiranniseren.