Vroege jaren
Pederson werd geboren in Bellingham, Washington, in 1968. Hij ging naar de Ferndale High School in het nabijgelegen Ferndale, Washington, en was een All-State selectie in voetbal, basketbal en honkbal. Na de middelbare school studeerde hij af aan de Northeast Louisiana University, waar hij van 1987 tot 1990 quarterback was. Hij is nog steeds houder van meerdere passing records op de school.
Professioneel
Miami Dolphins
Pederson oorspronkelijk ondertekend als een rookie free agent door de Miami Dolphins op 1 mei 1991, uit Northeast Louisiana University (nu University of Louisiana at Monroe) in Monroe, Louisiana. Hij werd op 17 augustus 1991, voor de start van het reguliere seizoen, ontslagen. Nadat hij het seizoen 1991 als free agent had doorgebracht, werd hij op 4 februari 1992 door de New York/New Jersey Knights van de World League of American Football (WLAF) in de vijfde ronde opgenomen in de eerste pool van spelers die voor de draft in aanmerking kwamen. De tweede pool, waaruit op 20 februari werd getrokken, bestond uit spelers die door NFL-teams aan de competitie waren toegewezen. Hij was de reserve quarterback van Reggie Slack bij de Knights van maart tot mei 1992.
Na afloop van het WLAF seizoen werd hij op 2 juni 1992 opnieuw getekend door de Dolphins. Pederson bracht het trainingskamp van 1992 door bij de Dolphins, voordat hij tijdens de laatste roster cuts weer werd vrijgelaten. Hij werd vervolgens opnieuw bij het oefenteam van het team ingedeeld, waar hij in het scout team oefende tot hij op 8 oktober 1992 werd ontslagen. Hij werd door de Dolphins na het seizoen opnieuw gecontracteerd op 3 maart 1993. Na zijn derde trainingskamp bij de Dolphins werd hij op 31 augustus 1993 opnieuw gedeselecteerd. Voor het tweede opeenvolgende seizoen werd Pederson op 1 september 1993 opnieuw bij de oefenploeg van het team gevoegd. Dan Marino, de startende quarterback van de Dolphins sinds 1983, scheurde zijn achillespees in een wedstrijd van week 6 tegen de Cleveland Browns op 10 oktober 1993, waardoor backup Scott Mitchell hem moest vervangen. Pederson verving Marino op het actieve roster, en diende als Mitchell’s backup voor de volgende vier wedstrijden. Pederson maakte zijn NFL debuut op 24 oktober 1993, in een wedstrijd van week 8 tegen de Indianapolis Colts. Hij hielp hoofdcoach Don Shula aan zijn NFL-record van 325ste overwinning als coach toen Mitchell een schouder scheurde in een week 11 wedstrijd tegen de Philadelphia Eagles op 14 november 1993. In die record brekende wedstrijd voor Coach Shula kwam Pederson in het 3e kwart van de wedstrijd en ging 3 voor 6 voor 34 yards, en voltooide verschillende cruciale 3e downs. Pederson was in staat om de Dolphins naar de overwinning te loodsen. Pederson was ook de vervanger van de recent verworven Steve DeBerg voor de drie wedstrijden die Mitchell miste door een blessure. Hij speelde kort mee in de wedstrijd van week 14 tegen de New York Giants terwijl DeBerg hechtingen in zijn gezicht kreeg. Mitchell keerde na week 15 terug als de starter van de Dolphins, en Pederson werd op 16 december 1993 ontslagen ten gunste van reserve DeBerg en derde quarterback Hugh Millen.Pederson tekende op 16 april 1994, na afloop van het seizoen, opnieuw bij de Dolphins. Hij bleef het hele seizoen 1994 op het actieve rooster van de Dolphins als de derde quarterback achter Marino en Bernie Kosar. Op 15 februari 1995 werd Pederson geselecteerd door de Carolina Panthers in de tweeëntwintigste ronde van de NFL Expansion Draft, nadat hij op 19 januari op de beschikbare spelerslijst van de Dolphins was geplaatst, maar hij werd op 24 mei 1995 vrijgelaten. Hij keerde terug naar de World League na zijn vrijlating, waar hij speelde bij Rhein Fire. Pederson tekende opnieuw bij de Dolphins in juni 1995. Na te hebben geconcurreerd met Dan McGwire tijdens het trainingskamp, werd Pederson op 22 augustus 1995 ontslagen. Marino liep een knieblessure op tijdens een wedstrijd in week 6, dus werd Pederson op 10 oktober opnieuw gecontracteerd om te dienen als de derde quarterback achter Kosar en McGwire voor de volgende twee wedstrijden. Hij werd weer vrijgelaten nadat Marino terugkeerde voor week 9 op 24 oktober.
Eerste stint met Packers
Pederson werkte voor de Green Bay Packers na week 10 in 1995, als gevolg van een seizoensbeëindigende blessure opgelopen door back-up Ty Detmer en een kleine blessure opgelopen door starter Brett Favre. Derde quarterback T.J. Rubley werd gedwongen te spelen in week 10 en gooide een interception die het einde van de wedstrijd betekende nadat hij een audible had geroepen, tegen de playcall van hoofdcoach Mike Holmgren in. De Packers tekenden Bob Gagliano om als derde quarterback te fungeren in week 11 en 12. Pederson verving Gagliano als derde-string quarterback toen hij bij de Packers tekende op 22 november 1995. De Packers claimden Jim McMahon van de Browns om als Favre’s backup te dienen voor Pederson en Rubley op 29 november 1995. Rubley werd op 13 december vrijgesteld, waardoor McMahon en Pederson overbleven als Favre’s back-ups. Favre miste geen wedstrijden, dus Pederson zag geen wedstrijd actie voor de Packers in 1995. Pederson was de derde quarterback achter Favre en McMahon in 1996, hij speelde in één wedstrijd maar registreerde geen statistieken. Hij ontving een Super Bowl ring na de overwinning van de Packers op de Patriots in Super Bowl XXXI. Hij tekende opnieuw bij de Packers met een tweejarig contract op 20 februari 1997. Pederson was opnieuw de derde quarterback in 1997, als back-up van Favre en Steve Bono. Pederson versloeg Rick Mirer voor de backup baan van Favre, en ook voor de baan van eerste placekick houder, in 1998. In een verlies van week 5 tegen de Minnesota Vikings, verving Pederson Favre in de laatste vijf minuten van een overweldigende wedstrijd, en gooide twee touchdowns in zijn plaats. Pederson liep echter een gebroken kaak op die hem uitschakelde voor de volgende vier wedstrijden van het team.
Philadelphia Eagles
Pederson tekende een driejarig contract van 4,5 miljoen dollar met de Philadelphia Eagles op 18 februari 1999, om de startende quarterback van het team te worden onder de nieuwe hoofdcoach Andy Reid, die Pederson’s quarterbacks coach was in Green Bay van 1997 tot 1998. De Eagles kozen Donovan McNabb als tweede in de NFL Draft van 1999 in april 1999, en Reid zei dat Pederson de starter zou blijven tot McNabb klaar was om te spelen. In zijn negen starts voor de Eagles had Pederson een 2-7 record, een 51.6% completion rate, 1.168 passing yards, zes touchdowns, en negen interceptions. In zijn eerste start in zijn carrière, een wedstrijd in week 1 tegen de Arizona Cardinals, gooide Pederson twee touchdowns in het eerste kwart om de Eagles een 21-0 voorsprong te geven. De Cardinals kwamen echter terug en wonnen de wedstrijd op een field goal na het verstrijken van de tijd, 25-24. Pederson ging 12-uit-25 voor 91 yards en twee touchdowns in de wedstrijd. McNabb verving Pederson, die een gekneusde werpschouder had, na één helft in een verlies van week 2 tegen de Tampa Bay Buccaneers, waarin Pederson 12-uit-19 ging voor 100 yards en een interception. Pederson begon aan een shutout in week 3 (26-0) tegen de Buffalo Bills, met 14-of-26 voor 137 yards en twee verloren fumbles, voor hij in het vierde kwart weer werd vervangen door McNabb. In een verlies van week 4 tegen de New York Giants, ging Pederson 6-uit-15 voor 75 yards en twee intercepties, voordat hij na de rust werd vervangen door McNabb. Pederson’s eerste NFL-overwinning kwam er in week 5 in een wedstrijd tegen de Dallas Cowboys. Hij speelde de hele wedstrijd, met 11-of-29 voor 145 yards, één touchdown en één interceptie. Pederson speelde de volledige volgende drie wedstrijden, met een 1-2 record, drie touchdowns en drie intercepties. In zijn laatste start als Eagle werd Pederson in de rust van een wedstrijd in week 9 tegen de Carolina Panthers van de bank gehaald na 3-of-9 voor 28 yards en een 23-0 achterstand. Hij kwam pas weer in actie als quarterback in een wedstrijd tegen de Cowboys in week 14, waarin McNabb in het vierde kwart een blessure opliep. Pederson ging 8-uit-12 voor 108 yards en een touchdown in het verlies, en Koy Detmer kreeg de start voor hem in week 15 toen McNabb nog steeds geblesseerd was. Na het trainingskamp van het volgende seizoen met de ploeg te hebben doorgebracht, ontsloegen de Eagles Pederson op 28 augustus 2000.
Cleveland Browns
Pederson overwoog met pensioen te gaan nadat hij door de Eagles was ontslagen, maar tekende in plaats daarvan een tweejarig contract bij de Cleveland Browns op 2 september 2000. De reserve-quarterback van de Browns, Ty Detmer, had een blessure die het seizoen beëindigde, en de Browns hadden een reserve-quarterback nodig voor starter Tim Couch. Dit was de tweede keer in de carrière van Pederson dat hij werd gecontracteerd om een geblesseerde Ty Detmer te vervangen. Pederson begon als de derde quarterback achter Couch en Spergon Wynn, tot Couch in week 7 een blessure opliep die het seizoen beëindigde. Pederson startte de volgende zes wedstrijden, met een 1-5 record. In een wedstrijd in week 13 tegen de Baltimore Ravens werd hij uit het spel gehaald met gekneusde ribben en vervangen door Wynn. Wynn startte de volgende week tegen de Jacksonville Jaguars, maar hij liep een blessure op die het seizoen beëindigde en Pederson verving hem. Pederson keerde terug voor de laatste twee wedstrijden van het seizoen, waarin hij beide verloor, waaronder een 35-24 verlies tegen zijn oude ploeg, de Eagles, en een 24-0 shutout verlies tegen de Tennessee Titans. Pederson werd na het seizoen ontslagen op 22 februari 2001.
Green Bay Packers (tweede stint)
De Packers tekenden Pederson opnieuw voor een eenjarig contract op 13 maart 2001, als vervanger van back-up Matt Hasselbeck, die werd verhandeld aan de Seattle Seahawks. Pederson was de primaire backup van Favre gedurende het hele seizoen 2001, en was de primaire placekick houder in elke wedstrijd. Op 2 april 2002 tekende hij opnieuw bij de Packers voor een contract van één jaar en 650.000 dollar. Pederson was opnieuw de reserve quarterback en primaire houder in alle 16 wedstrijden in 2002. In een wedstrijd van week 7 tegen de Washington Redskins, Favre had een verstuikte knie en Pederson nam de meeste snaps in de tweede helft, hij ging 9-uit-15 voor 78 yards en hielp de wedstrijd met 30-9 te winnen. Pederson speelde ook in wedstrijden tegen de Miami Dolphins, Detroit Lions, en New York Jets. Hij tekende opnieuw bij de Packers voor een contract van één jaar en $ 750.000 op 29 april 2003. Voor het derde opeenvolgende seizoen was Pederson de back van Favre in alle 16 wedstrijden en hield hij placekicks. Hij voltooide zijn beide passes tijdens het reguliere seizoen voor een totaal van 16 yards. De Packers tekenden Pederson opnieuw voor een eenjarig contract op 28 april 2004. Tim Couch werd gecontracteerd als reserve-quarterback, maar verloor van Pederson en werd op 5 september 2004 ontslagen. In een wedstrijd in week 3 tegen de Indianapolis Colts, verving Pederson Favre in een nederlaag en ging 4-of-6 voor 34 yards en een interception. De volgende week, een wedstrijd in week 4 tegen de New York Giants, liep Favre een hersenschudding op in het derde kwart, en Pederson verving hem als quarterback. Pederson ging 7-of-17 voor 86 yards en een interception in het verlies voor hij een klap tegen zijn zij kreeg in het derde kwart die resulteerde in een gescheurd bot in zijn rug, een gescheurde spier in zijn zij, en een gebroken rib. Hij bleef in het spel tot de laatste aanval, toen hij vervangen werd door derde-rangs quarterback Craig Nall. Pederson werd op 7 oktober op de blessure reserve geplaatst, waarmee zijn seizoen eindigde. Hij ging in maart 2005 met pensioen om hoofdcoach te worden bij Calvary Baptist Academy.