Zoals India werd Pakistan in augustus 1947 onafhankelijk als een heerschappij binnen het Gemenebest. De leiders van de Moslimliga wezen Lord Mountbatten, de laatste Britse onderkoning van India, echter af als eerste gouverneur-generaal van Pakistan, of staatshoofd – in tegenstelling tot het Congres, dat hem tot India’s hoogste bestuurder benoemde. Op hun hoede voor de Britse machinaties en verlangend Jinnah – hun “Grote Leider” (Quaid-e Azam), een titel die hij vóór de onafhankelijkheid had gekregen – te belonen, maakten de Pakistanen hem tot hun gouverneur-generaal; zijn luitenant in de partij, Liaquat Ali Khan, werd tot premier benoemd. De eerste regering van Pakistan stond echter voor een moeilijke taak. In tegenstelling tot de eerdere visie van Muhammad Iqbal voor Pakistan, was het land gevormd uit de twee regio’s waar moslims de meerderheid vormden – het noordwestelijke deel dat hij had omarmd en de gebieden en de oostelijke regio van de provincie Bengalen (die zelf ook was verdeeld tussen India en Pakistan). De twee vleugels van Pakistan werden derhalve gescheiden door ongeveer 1.000 mijl (1.600 km) soeverein Indiaas grondgebied zonder eenvoudige verbindingswegen tussen beide. Wat het werk van de nieuwe Pakistaanse regering verder bemoeilijkte was het besef dat de rijkdommen en hulpbronnen van Brits-Indië aan India waren toegekend. Pakistan had weinig dan ruw enthousiasme om het in stand te houden, vooral tijdens de maanden onmiddellijk na de deling. In feite leek het voortbestaan van Pakistan op het spel te staan. Van alle goed georganiseerde provincies van Brits India kwamen alleen de relatief achtergebleven gebieden van Sind, Balochistan en de North-West Frontier Province ongeschonden bij Pakistan. De anders meer ontwikkelde provincies Punjab en Bengalen werden verdeeld, en in het geval van Bengalen kreeg Pakistan niet veel meer dan het dichtbevolkte landelijke achterland.
Tot het dilemma van de nieuwe en ongeteste Pakistaanse regering behoorde de crisis in Kashmir, die in de periode onmiddellijk na hun onafhankelijkheid een oorlog tussen de twee aangrenzende staten uitlokte. Zowel Pakistan als India wilden van Kasjmir een onderdeel van hun respectieve unies maken, en het voormalige prinsdom werd al snel betwist grondgebied – waarbij India en Pakistan delen ervan in handen hadden – en een brandhaard voor toekomstige conflicten. Economisch was de situatie in Pakistan wanhopig; materialen uit de Indiase fabrieken werden afgesneden van Pakistan, waardoor de schamele industrie, handel en landbouw van het nieuwe land werden ontwricht. Bovendien hadden het karakter van de deling en de nasleep daarvan aan beide zijden van de scheidslijn de vlucht van miljoenen vluchtelingen veroorzaakt, die gepaard gingen met verschrikkelijke bloedbaden. De uittocht van zo’n groot aantal wanhopige mensen in beide richtingen vereiste een dringende reactie, waartoe geen van beide landen bereid was, zeker Pakistan niet.
Als gevolg van de onopgeloste oorlog in Kasjmir en het bloedvergieten tussen de gemeenschappen in de straten van beide landen, gingen India en Pakistan elkaar elk als hun aartsvijand beschouwen. De Pakistanen hadden een verdeling van India’s materiële, financiële en militaire middelen verwacht. In feite zou dat niet gebeuren. New Delhi toonde geen enkele intentie om de bezittingen van Brits India te verdelen met zijn grote tegenstander en zo een evenwicht tussen de twee landen tot stand te brengen. Bovendien betekende de superieure geopolitieke positie van India en vooral de controle van India over de vitale rivieren die naar Pakistan stroomden, dat de watervoorziening van het moslimland overgeleverd was aan de genade van zijn grotere, vijandige buur. De toestand van Pakistan na de onafhankelijkheid was zo precair dat veel waarnemers geloofden dat het land nauwelijks zes maanden zou kunnen overleven en dat India’s doel van een verenigd subcontinent een duidelijke mogelijkheid bleef.