T細胞帯（動脈周囲鞘）とB細胞濾胞には個別のマクロファージ集団が存在するが、これらのマクロファージ集団については、その起源と寿命の点であまりわかっていない。 これらのマクロファージは脾臓に特有のものではなく、すべての二次リンパ系器官のリンパ系部分の不可欠な部分を構成している。
B細胞濾胞では、マクロファージは体細胞超変異とアイソタイプスイッチングの過程で胚中心反応中に起こるアポトーシスB細胞を除去するのに重要な役割を担っている。 適切な受容体を形成できないB細胞はアポトーシスで死滅し、その後生殖巣のマクロファージによって除去される。 集中的な生殖中心反応の際には、生殖中心にはチンギブルボディマクロファージと呼ばれる大きなマクロファージが存在するため、この過程は明らかである。 (このマクロファージは、アポトーシスの核が凝縮された「ティンジブルボディ」と呼ばれるものであるため、この名がついた。） アポトーシス細胞がマクロファージに取り込まれるためには、アポトーシス細胞の外表面にホスファチジルセリンが発現していることが重要であり、これは複数の受容体によって認識される。 有形体マクロファージは、チロシンキナーゼMer、乳脂肪球上皮成長因子8およびTim-4を発現し、これらすべてがマクロファージへのアポトーシス細胞の取り込みをサポートしている。
マクロファージは白質骨のT細胞領域にも存在するが、その役割はあまりよく理解されていない。 マクロファージのこの集団は、二次リンパ器官の他のすべてのT細胞区域で見つけることができる。 これらのマクロファージは、血液から白色歯髄に入ったパトロール用の単球の子孫である可能性がある。 T細胞と並んでいることから、これらのマクロファージは抗原提示や死にかけのリンパ球の除去に関与していることが示唆されている
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