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1800年には再びJohn AdamsとThomas Jeffersonという選択を国民に迫ります。 連邦党員は、ジェファーソンが権力を州に戻し、陸軍と海軍を解体し、ハミルトンの金融システムを覆すことを恐れた。 共和党は、連邦党が大規模な常備軍を創設し、重税を課し、連邦軍と連邦裁判所を利用して反対意見を弾圧することによって、アメリカ国民の自由を蔑ろにしていると訴えた。 彼らは、連邦党員の最終的な目標は、国政に権力を集中させ、アメリカをイギリス側としてヨーロッパの戦争に巻き込むことだと懸念した。

ジェファーソンの反対派は、彼を「宗教では無神論者で、政治では狂信者」と呼んだ。 彼らは、彼が酒飲みで宗教の敵であると主張した。 連邦党員のコネチカット・クーラントは、「内戦を免れる可能性はほとんどない」と警告した。 殺人、強盗、強姦、姦淫、近親相姦が公然と教えられ、実行されるだろう」

ジェファーソンの支持者は、アダムス大統領がイギリスとその旧植民地の再統合を熱望する君主主義者であると非難し、反論した。 共和党は、大統領がトーマス・ピンクニー将軍をイギリスに派遣して4人の愛人（2人は自分用、2人はアダムズ用）を調達したとまで主張した。 これに対してアダムスは 「もしこれが本当なら、ピンクニー将軍は愛人をすべて自分のものにし、私から2人をだまし取ったことになる」

選挙は非常に接戦だった。 選挙人団で共和党が多数を占めたのは、憲法の5分の3条項（代表権の配分において奴隷人口の5分の3を数える）であり、ジェファーソンは8票の差で勝利したように見えたのである。 しかし、すぐに複雑な事態が起こった。 共和党の選挙人がジェファーソンとバーにそれぞれ1票ずつ投票したため、2人が受け取った選挙人票数は全く同じであった。

憲法のもとでは、選挙は連邦党支配の下院に投げ込まれることになった。 憲法により、選挙は連邦議会下院に委ねられた。バーは大統領職を受け入れないと力強く宣言する代わりに、何も語らなかった。 そこで、連邦党は選択を迫られた。 ブランデー漬けで教会を汚す」嫌われ者のジェファーソンを当選させるか、日和見主義者のバーを支持するかであった。 ハミルトンはジェファーソンを嫌っていたが、「公共の理念は自分の利益以外の何ものでもない」バーよりもはるかに高潔な人物であると信じていた。 ジェファーソンが言うように、「立法府の簒奪は武器によって抵抗されることが確実」であると認識し、連邦党は引き下がった。 6日間にわたる投票と36枚の投票の後、下院はトーマス・ジェファーソンを第3代大統領に選出した。 そして、この選挙の結果、議会は憲法修正第12条を採択し、選挙人団の各選挙人が大統領と副大統領に1票ずつ投票することになった。

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