1947年、英領インドの自宅に捨てられたメアリー・レノックスが発見される。両親はコレラで死亡し、彼女は分割統治の混乱の中で忘れ去られていた。 メアリーは叔父のアーチボルド・クレイブン卿が所有するイギリス・ヨークシャーのミセルスウェイト荘に送られることになります。 彼女は、ラージで育ちながら自分の感情を抑えなければならなかった、不愉快で不親切な少女だった。
到着すると、彼女はクレイブン卿の家政婦で、厳格でしっかりしたメドロック夫人に出会う。 メドロック夫人はクレイブン卿の家政婦で、厳格な女性である。 そこで出会った召使のマーサは、メドロック夫人の要求に不満を抱いていた。
メアリーは屋敷を出て近くの森を散策することを許され、そこで野良犬に出会い、ジェミマと名づける。 その夜、彼女は廊下で小さな叫び声と泣き叫ぶ声を聞き、クレイヴン卿の寝たきりの息子、コリン・クレイヴンを発見する。
翌日、メアリーは書斎でクレイブン卿に会い、面倒を起こさないようにと言われる。 メアリーは森の中を探検し続け、壁を登って隠された庭を発見する。 その後、帰り道、マーサの兄ディコンに声をかけるが、ディコンは荒野の霧の中に消えてしまう。 その後、ジェミマの足が罠にかかったのを見つける。 彼女はジェミマを助け、罠から解放するが、犬は庭に逃げ出す。
その後、メアリーはロビンに導かれて庭にある石像に行き、そこには庭への鍵があった。 メドロック夫人の呼びかけで、彼女は庭を後にする。 屋敷に戻ったメアリーはコリンと再会し、猫背で歩けないことを話す。 彼女は屋敷の庭のことを話すが、コリンは興味を示さない。 翌日、庭に戻ったメアリーはディコンを見つけ、ジェミマを治す手伝いをすると言う。 そしてメアリーは、初めて車椅子に乗ったコリンを、母の写真やドレスがある同じ部屋に連れてくる。 メアリーとディコンの二人は、動けないコリンを治そうと庭に連れて行く計画を立てるが、戻ってきたメアリーは、真珠のネックレスを盗んだことをメドロック夫人に突きつけられ、寄宿学校に入るよう罰せられる。 その後、部屋に監禁されたメアリーは、揺り木馬の中から母と叔母の間の手紙を見つける。 彼女はコリンを説得し、3人は庭で手紙を読み続ける。
落ち込んで気を失っていたクレイヴン卿は、ろうそくを灯している最中に机に火をつけてしまう。 翌朝、庭にいたメアリー、ディコン、コリンの3人は家から黒い煙が上がっているのを見る。 ColinはMaryとDickonを説得し、様子を見に行くことにする。 メアリーは燃えている家に入り、クレイヴン氏が火の中にいる息子を必死で探しているのを見つける。 彼女は、息子が外にいれば安全だから逃げようと説得するが、彼は抵抗し、消防隊が到着すると、妻の幽霊が彼らを安全に外に連れ出す。 心配したクレイヴン卿とメドロック夫人は、メアリーとディコンと共に秘密の花園にいるコリンのもとへ行く。 クレイヴン卿は息子の行動力に畏敬の念を抱きながら、二人の関係を再開させる。
映画は、クレイヴン卿が領地を再建し、メアリー、ディコン、コリンが秘密の花園で楽しく過ごすところで終わる。