急性ウイルス感染症とは異なり、持続性感染症は長期間続き、一次感染が適応免疫反応によって除去されない場合に発生する。 水痘帯状疱疹ウイルス、麻疹ウイルス、HIV-1、およびヒトサイトメガロウイルスは、典型的な持続性感染症を引き起こすウイルスの例である。
持続感染を引き起こすメカニズムはひとつではないが、宿主の防御機能の低下と、ウイルスが細胞を殺す能力が重要な特徴である。 リンパ球性絨毛膜炎ウイルスのような多くのアレナビウイルスは細胞を殺さないので、宿主がウイルスを除去できなければ持続感染を引き起こすことになる。 ウイルスの持続感染には、ウイルスの産生と静止のサイクルが交互に繰り返されるものがある。 例えば、伝染性単核球症の原因ウイルスであるエプスタイン・バー・ウイルスがその例である。 発熱、咽頭痛、リンパ腺の腫れといった最初の発作の後、ウイルスは免疫系の細胞内にウイルスゲノムを保持する休眠感染を確立する。 定期的に感染が再活性化され、臨床症状がなくても感染性ウイルスが排出される。
牛ウイルス性下痢症ウイルス感染症は、宿主の免疫反応とウイルス細胞の死滅の相互作用によって持続性が制御されるもう一つの例である。 このウイルスは、世界のほとんどの牛に生涯持続的な感染を成立させる。 感染した牛は、検出可能な抗ウイルス抗体やT細胞を産生しない。 このウイルスは妊娠の初期に母牛から胎児に感染する。 感染してもインターフェロン（IFN）の産生を刺激しないため、適応免疫系は活性化されない。 1499>
多くの感染症が持続するのは、ウイルスの複製が、ウイルス感染の除去に極めて重要な免疫細胞である細胞障害性Tリンパ球（CTL）の機能を阻害するためである。 CTLが細胞表面上のウイルス抗原を検出すると、感染した細胞が認識される。 この認識プロセスには、主要組織適合性複合体（MHC）クラスIタンパク質によるウイルスペプチドの提示が必要である。 多くのウイルスタンパク質は、タンパク質の合成、プロセシング、輸送など、MHCクラスI経路のさまざまなステップを妨害する。 1499>
このような免疫調節の驚くべき例は、サイトメガロウイルス (CMV) に感染した細胞で起こります。 このβヘルペスウイルスは、健康な人にはほとんど影響のない、一般的な小児感染症を引き起こします。 このウイルスは唾液腺、乳腺、腎臓に持続的に感染し、感染症が治癒することはない。 潜伏感染者が薬剤やHIV感染によって免疫抑制されると、ウイルスの複製が起こり、生命を脅かす結果となる。 CMVが宿主に留まるのは、ウイルスゲノムに、ウイルス抗原のMHCクラスI提示を妨害する複数のタンパク質がコードされているからである。 1つのウイルスタンパク質は小胞体の内腔へのペプチドの移動をブロックし、他の2つのウイルスタンパク質は細胞表面に到達する前にMHCクラスIタンパク質の分解を引き起こす。
ウイルス感染が免疫反応を調節して持続感染を引き起こす例については他にも多くある。 驚くことではないが、ウイルス変調の標的である処理または調節ステップの多くは、ウイルス感染によってブロックされることが発見されるまで、知られてさえいなかった」
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WIERTZ, E. (1996). ヒトサイトメガロウイルスUS11遺伝子産物はMHCクラスI重鎖を小胞体から細胞質へ転位させる Cell, 84 (5), 769-779 DOI: 10.1016/S0092-8674(00)81054-5
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