生物学における形態学という用語は、生物の形、構造、構成を指す。これは外見（形、構造、色、模様）の側面と同様に、骨や器官などの内部部品の形や構造も含む。 このため、このような場合、「己を律し、己に克つ」ことが重要である。 解剖学は、生物の構造と内臓の研究である。 生物の外見を研究する学問を解剖学と呼ぶが、生物学の歴史の初期には優勢であったものの、収斂進化の影響を受けて熟したため、現在では特に研究されることはほとんどない。 そのため、生物に関する新しい情報を得ることは解剖学よりも少なく、したがって、生命体の外見は通常、形態学の一般的な調査の一部として、たとえば系統学的研究の文脈で研究される。
また、生物または分類群の形態の目立つまたは主要な側面を指す「総形態」という用語も使用されている。 生物の総形態の説明には、例えば全体の形、全体の色、主な印などが含まれますが、より細かい詳細は含まれません。
ほとんどの分類群は他の分類群と形態的に異なっています。 一般的に、近縁の分類群は遠縁の分類群よりも違いが少ないが、例外もある。 隠蔽種とは、非常によく似た種、あるいは外見上は同じに見えるが、生殖的には隔離されている種を指します。 逆に、無関係の分類群が収斂進化によって、あるいは擬態によって、似たような外見を獲得することもある。 さらに、形態学的データに依存する場合の問題として、形態学的には2つの異なる種に見えるものが、実際にはDNA分析によって1つの種であることが示される場合がある
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