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ハーボーは、ウェスタンミシガン（1984-1987）、ピット（1987）、モーヘッドステート（1988）、シンシナティ（1989-1996）、インディアナ（1997）でアシスタントを務めていた。
フィラデルフィア・イーグルスのアシスタント 編集
1998年にフィラデルフィア・イーグルスの当時のヘッドコーチ、レイ・ローズによって初めてNFLに採用され、1999年には新ヘッドコーチのアンディ・リードが確保した4人のアシスタントコーチの一人となった。 そのため、シド・ギルマンのコーチングのツリーに入っている。 2004年には、修士号を取得し、1984年から1987年までアシスタントフットボールコーチを務めたウェスタンミシガン大学のゲイリーダーネルの後任ヘッドコーチ候補として名前が挙がっていた。
2007年、9年間イーグルスのスペシャルチームコーチを務めた後、ディフェンスバックコーチに就任。 そのため、このような弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順の弊順(1)から(4)へ、弊順が、、、、、、、、、、、、、弊順の弊順(2)から(6)へ。 NFLでのヘッドコーチ経験もなく、オフェンス、ディフェンスのコーディネーターも経験したことがないため、このポジションの有力候補とは考えられていなかった。 しかし、チームオーナーのスティーブ・ビショッティと選手人事担当副社長兼ゼネラルマネージャーのオジー・ニューサムを感心させた。 また、ニューイングランド・ペイトリオッツのヘッドコーチであるビル・ベリックは、面接の際に電話でビショッティにハーボーを推薦しました。
2008年1月23日、ハーボーは長年NFLのオフェンスコーチ（元ヘッドコーチ）だったキャメロンをオフェンスコーディネーターとして採用しました。 (そのため、このような「曖昧さ」があるのです。 2008年9月7日、ヘッドコーチとしての彼のデビューで、ジョンと彼のレイブンズは、シンシナティベンガルズを破った。 そのため、このような「曖昧さ」があるのです。
2009年レイブンズのトレーニングキャンプにて
2009年1月26日、初のヘッドコーチ職（ニューヨークジェッツ）を目指して退団したレックスライアンに代わり、レイブンズのディフェンスコーディネーターにグレッグ・マティソンを指名した。 マティソンは、ハーボーの父であるジャック氏がウェスタンミシガン大学で1981年から86年までラインバッカーコーチとディフェンスコーディネーターを務めた経験があり、ハーボーが父の下で大学院生アシスタントとアシスタントコーチをしていた時のものである。
レイブンズのヘッドコーチに就任した2年目のシーズンでは、レギュラーシーズン9勝7敗で再びチームをプレーオフに導き、2010年1月10日のAFCワイルドカード回戦でニューイングランド・ペイトリオッツに逆転勝ちしてプレーオフ成績を3勝1敗とし、AFC部門戦でインディアナポリス・コルツに敗れました。 また、「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」「侍ジャパン」の5つのカテゴリーがあり、「侍ジャパン」は、「侍ジャパン」の「侍ジャパン」「侍ジャパン」の「侍ジャパン」「侍ジャパン」の「侍ジャパン」「侍ジャパン」の3つのカテゴリーに分かれています。 レイブンズは、リー-エヴァンスはペイトリオットのディフェンスバックスターリングムーアとキッカービリーCundiff flubbedによって彼の手からノックアウト後半勝負のパスの可能性があった後にニューイングランドペイトリオッツにAFCチャンピオンシップゲームを失う前に、AFC北地区と掃除スティーラーズを勝つ、2011 12から4を終えた潜在的なゲームタイングフィールドゴール,。
ジョンは、第12週（2011年）の感謝祭の日に弟のジムと対戦し、ジョンのレイブンズはジムのサンフランシスコ49ersを16-6で破った。
2012年のボルチモア・レイブンズは、AFCチャンピオンシップゲーム（2013年1月20日）で再びペイトリオッツに会い、28-13で勝利して（後半13-7で追いつき）リベンジを果たした。ハーフタイムでリードした後のホームゲームでトム・ブレイディとビル・ベリックが負けたのは初めてで、ジョンは2013年2月3日のスーパーボウルXLVIIで兄ジムとフォーリナーズに対戦できるようになった。 スーパーボウルXLVIIは、多くの人が「ハーボール」と位置づけている。 レイブンズは34対31で49ersを破り、勝利を収めた。 また、このような場合にも、「忖度（そんたく）」することなく、「忖度（そんたく）」することができます。
2013年にはマイアミ大学の「コーチ発祥の地」に選ばれた。
2013年9月5日、レイブンズがNFLレギュラーシーズンの開幕戦に出場する1時間前に、ハーボーが「数ヶ月前に合意していた契約」で4年の延長契約にサインしたと報道された。”
NFLネットワークによると、ハーボーはNFL史上唯一、最初の5シーズンでそれぞれプレーオフに勝利したヘッドコーチです。
ハーボーの最初の4シーズンのそれぞれと2014年に再び、すべてのAFCチャンピオンがプレーオフでレイブンズを破りました（ただし実際にスーパーボウルで勝つことができたのは2008年のピッツバーグ・スティールズと2014年のニューイングランド・ペイトリオッツだけです）。
NFLプレーオフの2014年AFCワイルドカード回戦で、ハーボー監督のレイブンズはハインツ・フィールドでピッツバーグ・スティーラーズを30-17で圧勝し、これはレイブンズにとってフランチャイズ史上初のスティーラーズに対するプレーオフ勝利となりました。 しかし、翌週のAFCディビジョナルラウンドでは、ニューイングランド・ペイトリオッツに31-35で敗れ、14点リードを2度とも維持することができなかった。 試合後、ハーボー氏はペイトリオッツのレシーバーの適格・不適格を宣言する常識外れだが合法な戦術について、「明らかに欺瞞だ」と苦言を呈した
2015年、ハーボー氏はレイブンズで初の負け越しシーズンを経験した。 レイブンズは多くの接戦を落とし、ジョー・フラッコ、ジャスティン・フォーセット、スティーブ・スミス・シニア、ユージン・モンロー、テレル・サグスといった主力選手たちがシーズン終了を迎える怪我に見舞われた。 彼らは5-11のレコードでAFC北の3位に終わった。
2017年8月28日に、ハーボーは2019年シーズンまで彼を契約下に保つ、1年間の契約延長に署名した。
2019年1月24日に、ハーボーは2022年シーズンまで彼を契約下におく、4年間の契約延長に署名した。
Harbaugh’s 2019 Coach of the Year acceptance speech, Ravens video
シーズン中、ハーボー監督はレギュラーシーズンで14勝2敗の成績に導き、AFCプレーオフで1位シードを確保することに成功した。 テネシー・タイタンズとのディビジョナル・プレーオフ戦では、レイブンズは28-12で敗れた。 2019年シーズンの活躍が認められ、2020年2月1日、ハーボーはAP通信NFLコーチ・オブ・ザ・イヤー賞として表彰された
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